近十年來，人們又從文字學、歷史學、社會學、文化學的角度進行了新一輪研究，形成了自明清以來的第三次高潮，目前已有十幾種說法。
「紅崖天書」的內容神秘莫測，最新解說認為它是建文帝「伐燕檄詔」，隱藏著一段歷史謎案，對此，專家提出了不同的看法。
懸賞百萬，竟是口頭支票
最近《雲南日報》載文，稱「貴州有關方面已把對林國恩的獎賞提到了議事日程，也就是說，林國恩在不久的將來有望成為那100萬元獎金的獲得者」。
然而山東大學藝術系副教授、「紅崖天書」的研究者劉樂一說：「懸賞百萬，只是當時安順地區專員即興的口頭提法，並未形成相關文件。」近年來，不少人憑著自己的研究成果致電或直接去安順索要獎金，孰不知該專員早於1993年就調離了安順。因此，「懸賞百萬，破譯『天書』」連一紙空文都算不上。
在1999年，貴州省文化廳和貴州省社會科學院聯合召開了林國恩破譯「紅崖天書」學術報告會，認定「紅崖天書」被林國恩所破譯。
當記者打電話問及江南造船公司高級工程師林國恩是否得到100萬元時，他說：「我還在就懸賞事宜同有關方面交涉。一些律師和媒體都支持我打官司，但我不願過多參與此事。」
劉樂一說，他曾在1996年發表自己的研究成果，並被《新華文摘》轉載。他在與當地有關人士直接接觸之後，他能夠比普通人更清楚地知道懸賞的內幕。他說，1996年前後出現了以訛傳訛的「懸賞百萬」的說法，一方面，反映了某些研究者的心態，另一個方面，也促進了第三次研究高潮的形成。
據介紹，「『天書』研究出現了三次高潮。第一次高潮的代表人物是明朝嘉靖舉人邵元善；第二次高潮興起於清朝光緒年間，當時的人們紛紛拓印「天書，或考證，或收藏，或以送禮；第三次高潮是近十年的事了，其間更多的學者試圖從更多的角度對天書作出解釋。
「紅崖天書」與明建文帝有無關係
「建文帝當時是出逃了，後流落到貴州，並在那裡出家。」劉樂一認為「紅崖天書」是建文帝的留言牌。林國恩經過九年考證，認為「紅崖天書」是建文帝的「討燕檄詔」。
建文帝是明朝開國皇帝朱元璋的孫子。1398年，朱元璋去世後，建文帝根據遺詔登上了皇位。這招致了早就懷有野心的燕王朱棣的不滿。第二年，朱棣以「清君側」和「靖難」為名義，起兵反叛。本來中央軍隊數量佔優，但由於建文帝手下大將李景清指揮不力和宦官的內應，叛軍攻破了應天城（今南京）。就在這時候，皇宮起火，建文帝也不見了蹤影。《明史．恭閔帝》記載：「宮中火起，帝不知所終。」
林國恩稱自己與同濟大學地質學教授景學立一起為了確認摹本採用了地質分析的方法，根據岩層下面的痕跡與二十多種摹本相比較。後來又找到了《明史紀事本末》中有關建文帝紀聞的原始史料：指出建文帝出走在前，宮中火起在後，實施了「金蟬脫殼計」。燕王入城後將計就計傳言建文帝被火燒死，為自己登基做鋪墊。
劉樂一說：「『天書』中的年號『丙戌』，即建文四年，正是燕王叛亂的後一年。建文出逃時，有眾多親信隨行，但在流亡的過程中分散。安順處於交通樞紐,是進出雲貴必經之路。在此留下『天書』，其目的在於告知眾人自己的行蹤。」
林國恩則認為，建文帝在皇叔朱棣篡位之後，便在親信隨從的保護下，隱匿到了貴州的山谷之間。在躲避了數月後，建文帝很想號召臣民支持他東山再起，推翻朱棣，但苦於自己的身單力孤，加上朱棣的爪牙眾多，難於應付，便想出了這麼一個討伐朱棣的檄文，讓隨從以金文的變體加上篆體、隸書、像形文字、草書以及圖畫的形義綜合成一種「雜體」，然後用皇帝詔書的形式寫於紅崖之上。
林國恩把「天書」直譯為：燕反之心，迫朕（皇龍）遜國。叛逆殘忍，金川門破。殘酷殺害（段、毆、牢、殺子民），致屍橫、死亡、白骨纍纍，罄竹難書。使大明日月無光，變成囚殺地獄。須降伏燕魔做階下囚（斬首消滅）。丙戌（年）甲天下之鳳皇－－允（火+文）（御製）。
北京師範大學明史專家、博士生導師顧誠教授介紹，建文帝下落現在仍是一樁謎案，他是否逃到了貴州，僅靠對紅崖天書的猜測還不足以證實。依據紅崖天書來斷定建文帝的下落純屬個人猜測，在史學上價值不大。因為沒有足夠的證據，歷史學界長期流行兩種說法：一是建文帝在宮中自焚而死，一是建文帝流落海外。
劉樂一稱自己在研究「紅岩天書」的過程中，他在安順境內高峰山寺找到了建文帝在那裡出家的證據，寺院裡有一個藏身洞，洞裡刻有一段銘文：「秀峰肇建文跡，塵知空般若門。」劉樂一說，秀峰是當時高峰山寺的住持，「肇」即「創建」的意思，「建文跡」與後半句連起來，指建文帝出家的地方。寺院裡有一幅「大明皇帝建文帝遺像」，畫面上，建文帝已是垂暮之年，以僧人面貌出現，高坐在靠椅撫琴，系工筆寫真。這幅遺像成了建文帝在此修行的鐵證。高峰寺對面的石崖上，有「西來面壁」的石刻，據當地傳說是建文帝所書。
「紅崖天書」是不是漢字系統
劉樂一說：「1992年去貴州安順看到了『紅崖天書』，當時石崖上只剩下四個半字形。看上去像水牛血寫上去的。」
根據明清及民國時期的文獻記載，自有人發現了「紅崖天書」之後，當地及貴州的許多官員和文人全都紛紛對天書進行拓印，或進行考證，或收藏懸於堂中，或作為送禮之物，這樣，使得紅崖天書在多年的傳承沿襲當中就成了一種特殊的商品或附庸風雅的器物。
清光緒二十七年（1901年），永寧州團首羅光堂為了晉級想要拓印一大批「紅崖天書」，好送給頂頭上司，便命令工匠用桐油拌石灰塗凸字面，使字變成陽文進行拓印，之後又命令工匠用錘鑽將桐油石灰剷平，讓人參照還殘留的某些筆劃，隨意亂刻上一些似文似圖的字。「紅崖天書」的本來面目給徹底破壞了。此後，許許多多的官員和文人便依照著自己的想法和猜測，模擬出了各種各樣的「紅崖天書」。
劉樂一認為「紅崖天書運用了鐘鼎文等篆隸書體，採取了添加、省減、移化、圖釋四種方法將字形肢解。林國恩認為天書亦文亦畫，不能單純地理解成文字或者圖畫。他描述道：「觀其文，它是道聖旨，從右至左直排成一篇《伐燕詔檄》。察其圖，自左向右看，它是一幅御駕親征圖。」
而顧誠教授認為，「紅崖天書」是一種古怪的文字，應該不屬於漢字系統，可能與少數民族文字有關。古代的雲貴、廣西多稱南蠻之地，當地的文化、文字與漢民族不是一個系統，而且當地壁畫較多，所以把天書和壁畫聯繫起來也似乎合情合理。
北京師範大學民俗專家、博士生導師董曉萍認為，「紅崖天書」可能與壁畫有一定的關係。四川涼山、內蒙古的一些地方都有一些壁畫。壁畫的內容是用來祭祀、描寫當時人的生活及其與自然的鬥爭。所謂的「天書」是神仙、超人力量製造出來的東西，有一種神授的感覺。所以，用「天書」來形容紅崖上的符號並不是很恰當的。
那麼，「紅崖天書」究竟是屬於漢字系統還是少數民族的壁畫或是文字呢？
中國社會科學院考古研究所碑刻專家趙超先生說：「對於『紅岩天書』，學術界目前沒有統一的看法。我只見過『紅崖天書』的摹本。摹本的內容趨向符號化。目前關於『紅崖天書』沒有詳細的古文字資料，年代又比較久遠，所以現在的研究只能處於猜測階段。可以說，哪一種說法都能說，但哪一種說法也站不住腳。」
