市場經濟得以有效、正常運轉的前提是：經濟活動的要素（土地所有權、勞動力、資本、管理技術、產品與服務等）在一國內的跨地區之間完全自由流動，即在一個實行市場經濟的國家之內，國內市場必須是統一的、不可分割的。統一的市場依賴於統一的市場交易規則；統一市場的建立依賴於市場主體遵守統一的規則。市場割據加劇了地方政府對經濟的干預，阻礙經濟發展和合理良性的經濟秩序的形成，造成資源浪費。在統一市場條件下，全國各地之間沒有關稅及其他阻礙資源流通的壁壘和障礙，經濟上先進的地區能更快地帶動與參與其他地區的發展。
在那些向市場經濟轉型的地方，也最容易產生對聯邦制的要求。因為聯邦主義包含市場經濟所需要的許多制度條件。聯邦主義建立在一個平衡的權力體系之上，以防止權力過分集中於一個聯邦政府部門而造成獨裁。聯邦主義給人一般的印象是其矛頭主要是針對聯邦政府的權力的。但是，準確地說，憲政與聯邦主義約束一切權力：既約束聯邦政府的權力，也約束成員體政府的權力；既限制聯邦政府對各成員體的任意干預，也限制各成員體干預和妨礙聯邦的正常政治、商業和社會活動。聯邦主義的憲政秩序同樣致力於限製成員體與地方政府的專斷權力，尤其是防止地方政府的專斷行為損害到整個聯邦的商業貿易，尤其是包括財產權和合同在內的商業貿易的安全，或者說，防止地方的貿易與司法保護主義。
近代政治制度的最重要的經濟職能之一便是維護國內市場的統一。在實行市場經濟的當代經濟大國中，在其建國之初的相當一段時期，建立統一的大市場始終是迫切而艱難的任務。聯邦主義的憲法通常都包含一個特殊的條款，簡稱商業條款（Commerce Clause）。這一條款在單一制國家中或有或無，但卻是聯邦主義國家中的必備條款。例如，美國現行憲法第一條第八款規定：國會有權管制同外國的、各州之間的和印第安部落的商業；第九款則包括了有關各州不得建立貿易壁壘、實行地方保護主義的具體規定（如"對於從任何一州輸出的貨物，不得徵收稅金和關稅"）。加拿大憲法第八條第一百二十一款規定：一切物品應在聯邦各省之間自由流動。印度憲法第三百零一條規定：貿易、商業和往來一律自由；第三百零四條規定：邦議會得制定法律，對他邦或輸入國內其他地區與本邦境內生產的貨物課以同樣的賦稅，對輸入貨物與本邦貨物一視同仁。奧地利聯邦憲法第四條規定：聯邦領土是一個統一的貨幣、經濟和關稅區；不得在聯邦境內設立內部關卡或規定其他交通限制。聯邦德國基本法第七十二條規定："聯邦在需要聯邦立法的事項的範圍內，基於下列理由有立法權：……如果某一事項由州的法律規定，勢將損害其他各州或全體人民的利益，或為在超越一州地域界限的範圍內維持法律上的或經濟上的統一；第七十三條規定：聯邦對關稅和貿易區的統一，…商品流通自由有專有立法權。"在1954年之前近現代中國的立憲史上，多部憲法的條文中都有以下的規定：在中國境內，一切貨物應允許自由流通，各級政府不得於國內徵收貨物通過稅，中央有權以法律禁止一地方為保護其產物而限制外地的貨物。
根據聯邦憲法中的這一通行的商業條款，聯邦有權調控所有屬於國際或聯邦成員體之間（美國稱為州際）的貿易；各州或地方政府不得對成員體之間的貿易施加任何歧視性關稅或過重負擔。商業條款也保障各成員體及地方享有的憲法規定的自治權。聯邦憲法既保護私人經濟事務不受毫無限制的州權力的侵害，又要保持國家商業市場不受其它形式地方獨裁的破壞。
聯邦主義與市場經濟的圓滿結合，有一些先決條件需要滿足。一個先決條件是經濟事務由地方管理經濟，中央政府直接干預經濟運作的權力受到嚴格限制。另一個先決條件是中央政府擁有充分的權力去維護一個統一的全國性共同市場，以及一個統一且穩定的貨幣銀行體系。這就是說，地方政府無權建立貿易壁壘或以其他任何手段來阻礙貨物及生產要素在地區間的自由流動。
聯邦憲法中的商業條款賦予聯邦政府的只是管理成員體之間的商務與對外商務。商業條款既是一個授權性的條款，也是一個限制型的條款。即在授權範圍之外，聯邦政府不得插手經濟事務（如美國、德國、加拿大、澳大利亞憲法的商社條款的內容）。商業條款意味著聯邦政府對商業有徵稅權。其結果是在一定範圍內統一稅率，防止了對國內商務的選擇性徵稅（如對州外商品與本州商品征不同額度的稅）。商業條款是對聯邦政府與成員體政府的雙重限制。商業條款的目的不在強幹弱支，也不在強支弱干，而是要保障經濟生活的順暢和經濟自由的充分運用和持久的繁榮。
在中央集權主義者看來，聯邦主義是一種鼓勵地方割據的政體。事實是，聯邦主義之下的割據是很難辦到的，中央集權下的割據倒是十分可能的。因為在專制的中央集權之下，地方的政府對地方而言，是專斷的、權力不受限制的政府；其次，在專制的中央集權國家，由於不存在獨立的、有力的執法系統，地方政府在經濟上的割據行為很難得到制度性的糾正。不僅如此，地方政府還可以通過行賄等不正當手段從上級政府那裡買來設置貿易壁壘的特權，如在公路上設置收費站與檢查站。有趣的是，聯邦制國家的市場統一程度，比高度中央集權的國家還高。
作為一種自由主義憲政秩序，聯邦主義國家就必須允許經濟要素的最大限度的自由流動。建立和維持統一市場的商業條款，並不意味著聯邦政府在經濟成長中負有特別大的使命和權力，更不是剝奪其他各級政府、企業及個人在經濟發展上的決策權。商業條款與統一市場並不意味著，經濟權力硬高度集中於聯邦政府。
在當今世界上，發達的市場經濟國家早已實現了國內市場的統一。通過建立跨國家的區域性共同市場來加強本國經濟在國際市場上的競爭力正在成為新的世界性潮流，歐洲聯盟、東南亞聯盟、北美自由貿易區紛紛在成長中壯大，自由貿易正在成為世界潮流。反觀中國，雖然市場經濟的方向已經明確，走向市場經濟的艱難步伐已經邁出，但隨之出現的不是一個統一的國內市場，而是各地間壁壘林立的市場割據。中國幅員遼闊，各地發展不一，不可能再要求各地按照同一要求，同一模式進行發展。市場經濟就是要求發揮個體的差異的優勢。要解決中國現在盛行的地方保護主義，同時尊重各地的特性和發展經濟的自主權，聯邦主義是不可避免的選擇。
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