鮑彤一案恐怕是牽涉八九民運最敏感的個案，也最令中共棘手，掌權者們在決定如何處置他的問題上不得不小心從事。因為鮑彤是「六四」事件中被當局逮捕的職務最高的人，掌握著最高層權力鬥爭的大量機密，而且對鮑彤的審判，無疑涉及到趙紫陽和當年高層的決策。
曾有消息說，鮑彤被捕後關押在北京北郊的秦城監獄，當與鮑彤一同人獄的其他政治犯待遇都有所改變，唯他例外。他在獄中被單獨關押，有四個獄吏輪流看守。與其他政治犯不同，鮑彤不得離獄回家，很長時間也不允許家屬探監。
也有消息說，鮑彤每天只能吃窩窩頭度日，副食為白菜、蘿蔔。因為營養不良，鮑彤有很長一段時間心力不支，腸胃病不斷惡化，血液中的白血球數量也在減少。
事後，香港《前哨》雜誌的一位作者去拜訪已獲釋的鮑彤，問及為何一直不獲准提前假釋或保外就醫，鮑彤攤攤手說：「我不值錢嘛！沒有人把我拿來做交易，我也不想像黑奴一般被人買賣。」
但是，鮑彤說在獄中並沒有受到肉體上的折磨，「只有精神上的，沒有肉體上的折磨。我在監獄裡邊他們給我住的房子是好的，吃的飯是好的，醫療條件是好的。我想很可能即使在監獄裡邊也並不是人人平等的。大概他們對我還有點優待吧，不過這個優待我覺得很不安。」
鮑彤是武俠小說名家金庸的熱心讀者急開玩笑說要成立「金學會「所以在密友間有「鮑大俠」外號。在獄中，他倒真是有「大俠」之氣。在監獄中．一直堅持練瑜伽功，堅持練習他所喜愛的書法，現在他基本能夠做到左右手書寫同樣流利，他還一直研讀他喜愛的龔自珍詩選、堅持自學英文。
平均三天，鮑彤就被獄方提審一次，但他拒不承認加予他的種種「罪名」。
審問者說有大量證據，鮑彤嗤之以鼻。他說：「我沒有做過任何錯事，沒有違反黨紀或者國法，為什麼要我作檢查？」
鮑彤的妻子蔣宗曹，原在中共中央編譯局某局任副局長，曾寫信給鄧小平和中共中央總書記江澤民，指責北京市市長陳希同誣陷她的丈夫。
鮑彤的兒子鮑樸（在美國留學）和女兒鮑簡（在北京某公司工作）也大膽地要求當局對非法拘禁他們的父親作出解釋，並呼籲當局調查是否濫用了權力。
這一切並沒有改變中共新權貴要整肅鮑彤的決定。鮑彤被捕三年之後，被判七年，剝奪政治權利兩年。
指責陳希同誣陷他泄露機密
儘管如此，經受了多年政治驚濤駭浪的鮑彤沒有被摧毀。當一九九八年五月他獲得自由之後，便開始放言無忌地抨擊中共，甚至直指鄧小平、江澤民、李鵬。
鮑彤目前每天在家主要是讀書、打太極拳鍛練身體，所以身體狀況比出獄時有了明顯的好轉。「我仍以我是一個中共黨員為傲」，但他認為，「中國共產黨做了許多傻事」。
在被問到當年被秘密逮捕監禁的原因，鮑彤對西方記者說，「一直到現在，他們對我說的理由，沒有一條有事實依據。正因為如此，北京中級人民法院對我的判決，我表示不服。這很多人都是知道的。但是二 級法院駁回了我的上訴。我不能再上訴，就不上訴了。」
鮑彤指責陳希同誣陷他泄露機密，「我想舉一個簡單的例子。在一九八九年六月底，國務院，也就是中國最高行政機關，向中國的最高權力機構的常設委員會，也就是人大常委會做的報告當中提到的，報告據說是陳希同代表國務院作的。」
「但我不是因為陳希同如今如何如何，我就怎麼怎麼樣，我就事論事」報告說，我向學生泄漏了北京即將戒嚴的機密，但這事根本不存在。之所以不存在，最雄辯的證明是二年後，一九九二年七月，北京中級法院對我審判的時候，根本不敢再提到這件事。審判也說我泄密，但一個字都沒有提到我泄密是泄的即將戒嚴這樣一件事情。要麼國務院向人大撒謊，要麼法院判決的時候包庇了我。如果國務院不向人大撒謊，那麼法院應該在它的判決書當中說，鮑彤泄露了戒嚴的命令。因此可見，經過兩年調查後，即使想欲加之罪何患無詞，也找不出半個證人來證明我向學生泄漏了要戒嚴的機密。」
「很多人說：六四是鮑彤弄出來的。我不敢貪天之功。我沒有這麼大的能力和野心，想把六 四算到自己帳上，我只能說，在六 四這個問題上，我沒有起什麼作用，非常慚愧。我很想起作用，但沒有能起到應有的作用。」
