報告本身批評制度及個別官員方面出現偏坦情況。報告指香港醫療制度有漏洞，但無官員須為缺失負責。制度與官員的關係，是否這麼容易就能被分開？楊永強作為衛生事務的問責官員，應為失敗的制度負責。
報告中最大爭議的是，楊永強在3月14日發表非典型肺炎未有在社區爆發的言論，其後在17日晚，香港中文大學醫學院院長鐘尚志向傳媒透露，非典型肺炎已擴散至社區。兩者的言論存在矛盾，既然報告指楊永強當日的言論並沒有錯，那即是指鐘尚志當日的言論有錯，對於這個結論，是否能令公眾信服？
另一個爭議是封閉淘大花園E座的問題，委員會認為當局在處理上得當。淘大花園在疫情中，共有329人受感染，42人病逝。淘大花園業主委員會主席葉興國對報告非常不滿，他認為報告欠缺公信力，並指正與屋苑內死者家屬聯絡，尋求法律意見，準備控告政府行政失當，以及要求賠償。
醫學會會長勞永樂表示，報告只指出香港醫療體制有缺失，但無人需要就事件負責，是自相矛盾。病人權益協會亦對報告指無人要負責，和無指出非典型肺炎爆發原因表示失望。護理人員協會表示，已有20多名受感染會員，打算控告政府及作出索償，並指不會因為報告而改變決定。現在看來，報告並不是非典型肺炎事件的終結，而是另一階段的開始。
楊永強在記者會上表示，曾反覆考慮過辭職，但為了承擔責任，需要防範非典型肺炎再爆發，所以繼續服務市民。但被3次問到有否向行政長官董建華辭職，楊永強卻無正面回應。
「辭職」兩個字，對以董建華為首的特區領導班子來說，可算是一個禁忌。問責官員可以向公眾表示對事件負責及作出道歉，但為表負責而引咎「辭職」這個禁忌是無法從這些官員口中聽到。
不過，從前保安局局長葉劉淑儀和前財政司司長梁錦松的收場來看，董建華最不想發生的事情，往往最終都會發生。
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