一九九二年三月的七屆人大例會上，楊白冰率先喊出「為改革開放保駕護航」的口號，何其宗在總參系統率先響應。當時的江澤民雖然表面上不動聲色，但內心對何其宗反感到什麼地步，可想而知。
十四大召開前夜，江澤民和李鵬終於說服鄧小平下決心削去楊家兄弟的軍權。在此之前，楊家兄弟主持的軍委領導班子換屆名單中，比何其宗年長九歲的徐惠滋已被列為總參謀長繼任人選，何其宗則遞升第一副總參謀長。雖然因為倒楊倒得太晚，十四屆中委和候補中委候選人名單已經來不及更動，但江澤民卻成功徵得了鄧小平同意：接替遲浩田總參謀長職位的人選不能再按照楊家兄弟的安排執行。於是，便有了張萬年的喜出望外、受寵若驚。
十四大召開時，何其宗順利過了候補中委的選舉關，但大會剛剛閉幕，江澤民即將他列入對楊家勢力進行政治清洗的第一批名單，其中包括楊家兄弟主軍時代陸續任命的三名副總參謀長：何其宗、徐信（當時兼任總參黨委副書記）和韓懷智（對總政治部的清洗情況見本書徐才厚部分）。這三人裡徐信和韓懷智均是用年齡理由勸退，唯有當時才四十九歲的何其宗是被明確宣布降級使用。
一九九二年十一月初，何其宗被劉華清召見，向他宣讀了江澤民簽字的任免令，要求他三天之內到南京軍區報到，職務是排名最後的副司令員，級別由正大軍區級降至副大軍區級。
此後，雖然南京軍區司令員已經因為年齡原因換屆，但繼任人選絕對不可能考慮何其宗。不過，按照法律條文，即使何氏不能獲升，到十五大召開時才五十四歲的何其宗在副大軍區崗位上還可繼續服役九年時間。仔細對照一下就不難發現，與何其宗年齡相彷的十四屆中央候補委員，絕大部分或是在十五大上繼任候補中委，或是升任中委。而江澤民斷然將何其宗的名字從十五屆中央委員和候補中央委員的名單中剔除，顯然就是要斷絕他政治上東山再起的念想。
郭伯雄日後被任命為常務副總參謀長到總參謀部上任時，使用的就是當年何其宗使用過的辦公室。高新《領導中國的新人物─中共十六屆政治局》
