陳希同在內蒙古某地被軟禁交待問題期間，中央警衛局派去的保衛人員均沒有資格聆聽談話內容，更沒有可能看到陳希同的交待材料。中紀委專案組的人員均被尉健行一一談話，向他們切實強調保密工作的重要。而每一批陳希同的交待材料或談話記錄在送達中南海的過程中，均由中央辦公廳機要交通局駐守在那裡的專門人員負責，機要交通人員每次來往中南海與陳希同被關押地之間，均有中央警衛局派人武裝護送。
如此強調保密，皆因陳希同的交待材料涉及許多中共元老、高幹子女，甚至在位領導人及其子女。
正因為對這一點心中十分清楚，所以自一九九七年年底開始，就不斷有一些「*****黨派」成員在聽完處理陳希同的中央文件傳達後，從中紀委給陳希同開列的幾大罪狀入手，認為揮霍公款、支持親屬經商等行為在共產黨各級在位幹部中十分普遍。現在單把陳希同抓了典型，難怪黨內黨外、海內海外均有人質疑「陳希同到底是政治犯還是刑事犯」的問題。
更有「*****黨派」成員發牢騷說：如果說陳希同的犯罪行為「給黨和國家造成了極其惡劣的影響」，那麼對陳希同案的調查、處理程序本身，等於是在繼續敗壞執政黨的形象。
這些*****黨派成員認為，如果按照西方國家的司法標準，諸如瀆職罪、貪污罪、偷稅罪、受賄罪等等，隨意援引法律條文，即可以給陳希同開列出數十項罪名。數罪並罰，不判個終生監禁，至少也會有數十年牢飯可吃。但是，如果按照中紀委給陳希同開列的那些罪狀條目，似乎沒有發現他將直接盜自國庫的現金裝進自己的腰包，侵吞大量貴重物品一項也十分含糊。至於「嚴重失職，對王寶森違法犯罪活動負有重大責任」一項，如果要從瀆職罪的角度追究，那麼陳了陳希同，前市委書記李錫銘，以及前北京市長兼市委副書記李其炎，甚至中共中央組織部都脫不了干係。
王寶森自殺後，陳希同曾經在政治局會議上檢討說：事先沒有想到王寶森的違法亂紀行為已經嚴重到如此程度。無獨有偶，陳希同被軟禁並接受審查後，江澤民也曾經在政治局會議上表示：沒有想到陳希同的腐化墮落到了這麼嚴重的地步。如此說來，對於高居政治局委員的陳希同的違法犯罪活動，中共中央總書記江澤民及其他政治局常委，是否也是負有「不可推卸的責任」？是否也應該被扣上一頂「嚴重失職」的帽子？
從中共官方新華社統一發稿的對陳希同判決書內容看，他的所有犯罪同夥只有王寶森一人。不但李錫銘、李其炎、張百發等人均不被牽扯，就連已經因為貪污、受賄等罪行鋃鐺入獄的鐵英（被捕前系北京市人大常委會副主任，曾任陳希同的秘書長兼辦公室主任）、黃紀誠（被捕前系北京市政協副主席，曾任陳希同的市長助理）等人都與陳希同沒有關連。而陳希同在王寶森問題上的犯罪內容，也被中共的判決書認定為「不正確履行和不履行職責，指使、縱容王寶森違反國家基本建設項目計畫審批程序，擅自動用財政資金，修建兩處豪華別墅，並在此吃住享樂，大肆揮霍國家財產，致使公共財產、國家和人民利益遭受特別重大損失，其行為構成玩忽職守罪」。
按照中共政權的判決書內容，陳希同是因為貪污罪被判處有期徒刑十三年，以玩忽職守罪被判處有期徒刑四年，兩罪並罰，決定執行有期徒刑十六年。
事後，外界除了質疑刑期太短以外，也奇怪中共政權為什麼對陳希同「特別開恩」，兩罪並罰應該十七年，卻無端減掉一年。其實，這是個不熟悉中共法律條文前提下的問題，依照共產黨政權現有法律內容，凡「兩罪並罰」者，都在兩罪分別判處的有期徒刑相加之後，減去一至兩年。過去無論是處理政治犯和刑事犯，均是依此作法，並非對陳希同「特別開恩」。
陳希同被判刑之後，還有海外報導披露說：陳希同在「玩忽職守」方面的犯罪內容，僅僅是判決書中所披露的這一項(擅自動用財政資金修建豪華別墅，並在此吃住享樂)，是否應該僅判四年有期徒刑？這也是中共內部爭論不休的一個問題。原因在於無論是中紀委，還是檢察機關內部，均有人認為陳希同縱容王寶森修建豪華別墅，是「違紀」而不是「違法」。
有中紀委人員舉例說明，共產黨執政史上，各地方領導人擅自決定動用財政資金在當年修建高級「樓堂館所」的事情屢見不鮮，事情做得太過份的話，不過是「通報批評」或者免去職務而已。如今，陳希同以中央政治局委員、北京市委書記身份在北京市安排修建豪華別墅，雖然是他自己享用，但首先是沒有在名義上歸他自己，而是以領導人身份享受公費住房待遇的形式偶而佔用；其次是這所別墅無論花去多少資金，實物還在。所以，如果一定要在此問題上給陳希同定罪的話，就應該把他在這所別墅中居住時所花費的服務管理費、吃喝用膳費用全加起來，然後以貪污罪論處。這一質疑提出後，尉健行等紀委領導人均認為有一定道理，於是便在由五百多人組成的陳案調查組中，專門分別出一個查賬小組，負責對陳希同所有的「工作開銷」一筆筆分類整理。於是，便有了如今判決書中所說的，「耗用服務管理費人民幣二百四十二萬元，吃喝揮霍公款人民幣一百零五萬元」。而這兩筆數字，其實在一九九七年中共十五大召開之前的中紀委內部通報中，即已經同陳希同「縱子經商」和「在對外交往中收受貴重禮品」等內容，一起披露出來。
當時，就連一些過去對陳希同從無好感，陳希同下臺後表現出幸災樂禍的各省、部領導人，眼看僅僅以揮霍公款、縱子經商和收受貴重禮品等幾項主要罪行，就決定對陳希同追究刑事，都心有戚慼然。
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