除了三焦所主之作用，與心包有其相似之處，此外又有其更豐富多樣的不同作用。三焦除了保護臟腑，容納漿液，減少摩擦，等作用之外，它還有上焦的熏蒸揮發，灌降霧露的作用；中焦的受氣取汁，以黏膜吸收營養，補充血液的作用；下焦則「別迴腸，注入膀胱而滲入焉。」即把胃中的水谷消化吸收之後，其水分則進入膀胱，所以，下焦又與上焦和中焦的作用有所不同，它主要是水分的吸收，代謝和排出廢水，故其名為瀆。無論從三焦的功能，特點，分布位置和循行路線來看，三焦與淋巴都有截然的不同，比如說淋巴管中雖有液體，而且分布於消化管和呼吸道等處的黏膜中，但其作用不等於黏膜，比如說左右上下肢都有淋巴，而內經卻從未論及左右上下肢有三焦分布，筆者認為不可混淆。
又有醫者認為三焦之上焦指肺，中焦指胃，下焦指膀胱，此說雖然部分符合三焦的分布結構，但其功能與三焦有明顯不同，如肺主呼吸，為何未有經典論曰上焦主呼吸，而且肺胃膀胱各有大腸脾和腎與其成表裡關係，為何又多出獨一與心包為表裡的三焦？
若細考古代醫家對三焦的論述，幾乎已明確提出三焦的結構。如張景岳指出：「夫所謂三焦者，像三才也，際上極下之謂也。所謂焦者，像火類也，色赤屬陽之謂也。今人之一身，外自皮毛，內至臟腑，無巨無名，無細無目，其於腔腹周圍上下全體，狀若大囊者，果何物耶？且其最內一層，形色最赤，像如六合，總護諸陽，是非三焦而何？」景岳稱三焦為大囊，當然是膜系統所組成之物。虞天民曰：「三焦者，指腔子而言，總曰三焦，其體有脂膜在腔子之內，包羅乎五藏六腑之外也。」其所謂之脂膜無疑是指黏膜，我們這裡稱其為黏膜系統應該更為符合《內經》之所指。
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