最初方案：劫持10架飛機
曾是「基地」組織三號人物的謝赫．穆罕默德於2003年3月在巴基斯坦被捕，目前被美國關押在一個秘密地點。
他的證詞1日在負責審判「9．11」嫌疑人薩卡裡亞斯．穆薩維的法庭上公開。由於涉及「國家安全原因」，穆薩維案的檢察官和辯護律師都無法直接與謝赫．穆罕默德交談。其證詞是由美國情報人員記錄。
據謝赫．穆罕默德說，發動「9．11」襲擊的念頭萌生於1996年。當時，他前往阿富汗面見「基地」老大烏薩馬．本．拉丹，要求本．拉丹提供資金和人手，在美國實施一次大規模行動。
謝赫．穆罕默德最初的方案是，同時劫持10架飛機發動自殺式襲擊，5架在美國東海岸，5架在西海岸。起初，本．拉丹對這一計畫的可行性沒有把握。直到1999年4月，他才把謝赫．穆罕默德召回阿富汗，授權他開始行動。
方案調整：取消亞洲行動
就在同一年，謝赫．穆罕默德對行動方案進行了調整，因為他發現，本．拉丹推薦的兩名行動人員瓦利德．本．阿塔（又名哈拉德）和阿布．巴拉是葉門人，很難獲得美國簽證。
因此，謝赫．穆罕默德打算同時在亞洲和美國劫機發動自殺襲擊。但到了2000年春，本．拉丹下令取消了亞洲部分的行動計畫，因為他認為很難讓亞洲的行動與美國的行動實現同步。
襲擊後果：完全出乎意料
謝赫．穆罕默德說，他選擇紐約世界貿易中心作為襲擊目標是為了「讓美國人民覺醒」。可「9．11」事件的巨大破壞力卻讓他自己都目瞪口呆。他在證詞中說，他「的確從未考慮到『9．11』襲擊的後果」。美國在事後採取的措施使得原先計畫好的第2輪襲擊無法實施。
「謝赫．穆罕默德說，因為他沒有預料到『9．11』襲擊會有這麼嚴重的後果，因此也就沒有料到美國政府事後對外國人的嚴密防範，」情報人員記錄的證詞說。
「謝赫．穆罕默德對襲擊發生後美國立即採取的安全措施印象深刻。鑒於美國對襲擊的反應……謝赫．穆罕默德認為，至少在短期內，無法在美國發動第2輪自殺式襲擊。」
整個計畫：全憑口頭傳達
謝赫．穆罕默德在證詞中稱自己是本．拉丹的忠實助手，但也有跡象表明他和這名「恐怖大亨」並非總是意見一致。
「謝赫．穆罕默德說，在選擇『9．11』行動人員方面，他通常不得不服從本．拉丹的命令。這說明，謝赫．穆罕默德承認，他在有些情況下違背本．拉丹的意思，儘管接納了本．拉丹派給他的人，但卻按自己的想法給他們分配任務。」
證詞還顯示，整個「9．11」計畫完全是以口頭方式相互傳達。「我知道，在西方，實施一項行動需要具體的行政工作。不過，你必須相信，同一個行動也可以通過簡單原始的方式成功實施，」謝赫．穆罕默德說。
