清宮中設有御藥房、御藥庫及東、西藥房。御藥庫向御藥房及東、西藥房提供藥材，而御藥房主要掌管宮中帝后及嬪妃治療用藥的，又稱為內藥房。御藥房負責藥品管理、修合煎藥。御藥房位於乾清宮之東的配殿內。御醫出診後開出處方，就要從內藥房取藥然後進行煎制。東、西藥房是太醫院在宮中的值房，東藥房是御醫值班的地方，西藥房一般僅派吏目和醫士作為備差。後來因為宮中人員太多，一個內藥房很難滿足需求，於是在壽康官、寧秀宮、壽安宮以及皇上出行的圓明園一畝園、頤和園及避暑山莊等處也設藥房，並任命兩名內務府大臣分別管理藥房事務，對外仍統稱「御藥房」。同治時期，宮廷還設了壽藥房，現在故宮裡面還保存著「壽藥房」匾和一些刻有壽藥房字樣的銀質藥具。這些工具主要用來煎藥和配製膏、散、丸、丹的。壽藥房由太監管理，另設大師傅一名，設置藥生數名，負責煎藥和製作藥品。
四個渠道進御藥
宮廷用藥與民間不同，在規格上十分講究。如根莖類的藥地黃、白芍等要用枝條粗壯的，而肉桂則要用肉厚油足的，種子類的藥材如砂仁、蔻仁則須用種仁飽滿的，凡不符合規格的都不能在宮中使用，御藥房還經常要用新鮮的植物來作為藥引，如鮮姜、鮮藿香、鮮紫蘇、鮮竹葉、鮮荷花、鮮銀花等等，煎藥時如果要用到，就需要現去採集。所以御藥房裡面各種藥材都是名貴好藥，很多實物今天還留存故宮中，如動物類的有麝香、猴寶、獅子寶、馬寶、蝦須、黃連蛇、穿山甲、虎骨、熊膽等，植物類有茯苓、母丁香、五加皮、檳榔、竹葉、藏紅花、金佩蘭等；礦物類有蟹化石、硃砂、紫牙石等。還有成藥六味地黃丸、人參固本丸、七厘散、金黃散、狗皮膏藥、延齡愈風丹等。一些散劑、丹劑、中成藥都被保存在一些瓷瓶、瓷罐、瓷盒中，外邊都帖有書寫的藥名簽。
御藥庫所需的藥材取自太醫院的生藥庫，這些藥購進宮中後再加工成成藥。當時藥材的來源主要有四個渠道：
一是徵收各省出產的藥材。宮中對藥材收購的品質要求很嚴，必須是原産地的地道上等藥材。比如，大黃一定要西寧或者涼州出產的，白芷一定要杭州的，白芍要浙江的等等。為了確保藥材的數量與質量，清廷也是制定了一整套嚴格的規定。凡是出產藥材的各省，每年必須按規定由藥商給皇宮進送藥材，並派駐專員在這些省區監督。像遼寧、吉林等地出產參，這些人參成為給清廷的專貢品，規定一般人不得隨意私挖，需要經戶部發給許可證才能入山採參，否則按違法論處。
二是同仁堂專為御藥房配製。由於同仁堂用料講究，療效卓著，深受皇宮的青睞。所以不僅供應內廷生藥，其一些配方也被宮中採納。雍正時期曾經欽定由同仁堂向御藥房提供所需藥材，同時還提供宮中所需各種中成藥。規定同仁堂每三個月就要向宮內進藥一次，不得有誤。從此，同仁堂作為一個民間藥方，打開了入宮的通道，一直向宮中進藥並延續到清末。同仁堂每次進藥情況都有詳細的記載，道光二十年(西元1841年)記載同仁堂藥商張大鏞兩個月內進的御藥就有 117種，重二百一十六斤十二兩八錢。《同仁堂丸散膏丹配方》當時也被收錄宮中，其中有內科方、外科方、婦科方、兒科方、傷科方、喉科方、眼科方共102種，御藥房中現存的多種中成藥大都是同仁堂進獻的。
第三個來源是地方進貢的藥材。凡逢年節、歲壽之日，各省督、撫大吏，就會向皇上進貢。如廣東的橘紅、西部的冬蟲夏草等等，各地官吏為向朝廷諂媚，會想盡各種辦法挖掘本地的名貴藥材來向宮中進貢。
另外就是外國饋贈或者從海外進口來的。當時清朝也是世界的強國，國外對中國文化非常崇拜，很多西洋人到中國進行文化交流，把一些西藥也作為貢品來討好中國的皇帝，所以在御藥房中至今還留有「美國頭痛藥膏」、「多爾門的那油」、「巴爾撒米油」、「西德鸞體油」、「西洋香餅」等西洋藥品。
各地送來的藥材進宮後，御藥房管理藥庫的官員要進行驗收，之後存放在生藥庫。藥材如果合格，驗收官會簽發單據，藥商憑此單據才能到戶部領取一定的供奉賞銀。生藥庫存放的藥材經過挑選後才能交給御藥房，進行各種御藥的加工。在御藥房醫藥檔案中，有關藥材的採買、發放藥品名稱、配方等等，都記錄得非常詳細。(選自《歷代宮廷御醫檔案揭秘》).
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