2005 年以來陸續有關於黃菊的病情報導，稱其患有胰腺癌，「惡性腫瘤是在胰腺的交叉部位」，而且已經擴散。近一年來，在北京動了兩次手術，又於去年9月轉赴上海中山醫院中西醫結合進行保守治療。年初以來病情重新惡化，癌症已經轉移到肝臓，兩次實施搶救。他分管的國企、交通、安全等等工作已經逐步移交、分攤給了曾培炎、吳儀等人。4月底又得知黃菊從上海被接返北京，入住解放軍301醫院高幹病房，實施搶救。
很長時間以來民間有傳聞稱，黃菊親友涉嫌官商勾結、枉法斂財。黃菊病重，不可避免地要影響到中國高層人事的進退。有人認為這也就是黃菊在今年3月的「兩會」 期間，拼了老命也要出來亮相的原因之一。但是，自然規律不可抗拒，「拖得過初一，拖不過十五」，北京消息人士透露，他確實時日無多。如果黃菊確實如傳言所說，拖不到中共十七大，他將是中共第四代決策層中首位病故於在任崗位的政治局常委、委員。
胡溫執政以來，因病去世的省部級高官，已經有商業部長呂福源（2004年去世），山東省副省長蔡秋芳（2005年去世，年僅49歲）；國家安全部副部長丁人林（2005年去世）；陝西省政協主席艾丕善（2006年去世）；中央軍委委員、海軍司令員張定發（2006年去世）；中紀委副書記、監察部長李至倫（2007年去世）。
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