何香凝逝世的9年之後，宋慶齡病逝於北京。在逝世前半個月，她被授予了中華人民共和國國家名譽主席稱號。有人猜測，她是否會與何香凝一樣合葬中山陵？
出乎猜測者的預料，她的遺體火化的第二天，骨灰就用專機運往上海，安葬於萬國公墓的宋氏墓園。
這麼做完全是出於尊重她生前的囑託、安排。
在她逝世前3個月，被她一直尊稱為「李姐」、16歲就到了她身邊幫助料理家務達53年之久的李燕娥因病逝世。宋慶齡囑咐李的骨灰與她的骨灰要葬在一起。在她為此給私人秘書的書面指示中，「畫了一個草圖，標明李姐和她自己墓碑的位置應在她父母合葬墓的左右等距，都平放在地上」。
宋慶齡為什麼沒有提出與孫中山合葬或附葬於中山陵？廖承志在《我的弔唁》一文中解釋說：
她一生地位崇高，但她從未想過身後作什麼特殊安排。臺灣有些人說，她可能埋葬在南京紫金山中山陵，她想也不曾想過這些。中山陵的建造構思，她不曾參與過半句，也不願中山陵因為她而稍作增添，更不想現在為此花費國家、人民的錢財。
宋慶齡傳記的作者伊斯雷爾·愛潑斯坦補充說：
她會認為，孫中山的歷史業績是他的功勛，她不應去分享。另外國民黨中曾有人對她作為孫中山遺孀的地位妄加訾議(在1922年中山艦事件之前，雖然已結婚七八年，但國民黨內仍有人故意稱她為「宋小姐」，以示不承認她的「孫夫人」的身份。此後，這種無聊沒有了，但所謂「名分」問題並沒有一勞永逸地樹靜風息)，她氣憤地說，「他們可以說我不是孫夫人，但沒人能夠否認我是父母親的女兒。」這也許可以作為另一個原因。她父母的墓地在文化革命中曾遭破壞。是不是因此而使她覺得她必須永遠陪伴在她父母身邊？她一生為公，但在她看來，死是私人的事情。
愛潑斯坦的三條補充措辭相當謹慎，分別用了「她會認為」、「這也許可以」、「是不是因此而使她覺得」等推測、揣摩傳主心態的說法。廖承志的解釋，也沒有引述宋慶齡的原話。
看來，個性嫻靜、內斂，思想卻絕不封閉、膚淺的宋慶齡，給研究者們留下了一個不大不小的謎。
宋慶齡把她身後的安葬看成「私人的事情」，安排與她的父母及家人、與終身為她服務的「李姐」葬在一處，符合她的思想和性格的邏輯，是可以理解的。
不過從世俗的眼光看，將逝的生命渴望回歸本原，渴望「落葉歸根」，也是「聖人弗禁」的常理常情。北方有句俗話，女兒是母親的「貼身小棉襖」。宋慶齡懷著某種歉疚之情依戀雙親，尤其是她的母親。已年過八十時，她在一封私人信函中回憶自己22歲時在上海不辭而別(據愛潑斯坦考證，她只是「偷偷地溜出了屋子」，不存在「陽臺加梯子」那種場面的浪漫故事)，投奔流亡日本的孫中山並舉行婚禮：
我的父母看了我留下的告別信後，就乘下一班輪船趕到日本來，想勸我離開丈夫，跟他們回去。
我母親哭著，正患肝病的父親勸著……
儘管我非常可憐我的父母———我也傷心地哭了———我拒絕離開我的丈夫。
1931年7月23日，宋慶齡母親病逝於青島，流寓柏林的宋慶齡立即啟程回國。在火車上，當她聽一位親戚講述她母親患病及去世的經過時，十分悲痛，「幾乎哭泣了整整一夜」……
1949年，當「政治彌留」之際的國民黨當權派出於一望即知的目的，竭力宣揚孫中山早已與之離婚的前夫人盧慕貞才是惟一的、真正的孫夫人時，傳聞說宋慶齡表示：「他們可以說我不是孫夫人，但沒有人能夠否認我是父母親的女兒。」愛潑斯坦分析說：「這可能是最早透露出她的一種想法，這種想法使她在病危時提出要同她父母葬在一處的要求。」
對宋慶齡刺激最深的還是「文革」破四舊時，上海的紅衛兵「砸爛」了她雙親在萬國公墓的墓地，「推倒石碑，把墓中骸骨挖掘出來，實行‘暴屍’」。宋慶齡傳記述：「墓地遭破壞的照片從上海寄到北京時，宋慶齡身邊的工作人員第一次看到她精神上支持不住而痛哭起來。廖夢醒把這些照片送給周恩來。周下令上海市有關部門立即將宋墓修復，並在竣工後拍了照片寄給宋慶齡。但並沒有全部照原樣修復。原來的墓碑上列著所有六個子女的名字，而新墓碑上只有宋慶齡一人。……‘文化大革命’告終之後，又重新換了墓碑，完全復原。」
1979年2月，她在寫給一位美國人的信中對現實社會的一些制度性弊端直言不諱：
除非我們改善目前的幹部委派制度和教育制度，我敢肯定，我們為現代化所作的努力將告失敗！
任何集體的利益都必須允許有個人的自由和選擇。
也許瀕危之際的宋慶齡感慨於自己的愛侶和導師的身後命運，以歸葬家族墓園的至囑，含蓄又確定無疑地表示了自己對習於造神和迷信盲從的民族性痼疾的決絕乃至警示？
