中華民國第十二任總統副總統選舉僅有民進黨與國民黨推出候選人，由謝長廷與蘇貞昌代表民進黨；馬英九及蕭萬長代表國民黨參選，分別為第一號及第二號候選人。
由於本次選舉距離立委選舉僅有兩個月，許多人都以立委選舉得票率為這次總統大選的評估指標，泛藍陣營在上次立委選舉不分區中獲得約56%的選票，泛綠則為 41%。以目前局部的開票結果來看，綠、藍雙方得票率與上次立委選舉相差不大，謝長廷、蘇貞昌獲得約42%的選票，馬英九、蕭萬長得票率則約為58%左右。
國民黨這次是第二次在公民直選中贏得中華民國總統大選，而得票率也較民國85年時李登輝、連戰的54％為高。在8年前因為總統選舉而從國民黨分家的親民黨，由於勢力日漸萎縮，之間幾度有意合併至國民黨，也將於這次選舉後正式完成。
與這次總統選舉合併舉辦的"入聯"與"返聯"兩個公民投票案雖然同意者均遠高出不同意者，但由於投票率都沒有超過半數，所以兩案都遭到否決。
號次一號的民進黨籍總統候選人謝長廷為美麗島大審辯護律師，曾任臺北市議員、立法委員、高雄市長、行政院長及民進黨主席。謝長廷選舉與執政經驗豐富，除了臺北市議員、立委外，他在高雄市順利當選兩任市長，任內多所建樹，受到高雄市民好評。謝長廷此次參選以"幸福經濟"為主軸，並主張與其他族群與政治競爭"和解共生"。
號次二號的國民黨籍總統候選人馬英九擔任過總統府秘書、研考會主委、國大代表、陸委會發言人、法務部長、臺北市市長及國民黨主席。馬英九早期政治生涯以中央文官為主，並也曾任教於政治大學，生涯後期才參與選舉，兩次都順利擊敗對手，但因為特別費案，成為我國第一位因為貪污被起訴的總統候選人。馬英九代表在野的國民黨，以"臺灣向前行"為競選主軸，並主張兩岸共同市場。
民進黨籍副總統候選人蘇貞昌曾任臺灣省議員、立法委員、屏東縣長、臺北縣長、總統府秘書長、民進黨主席及行政院長等職務，地方行政經驗豐富。蘇貞昌曾經於本次總統大選前與謝長廷一起角逐黨內提名，並於初選期間內對重炮攻擊謝長廷，但依舊敗給謝長廷，隨後接受民進黨徵召，以"長昌配"擔任謝長廷的副總統候選人。
國民黨籍副總統候選人蕭萬長曾經擔任外交部駐吉隆坡總領事館領事、經濟部國貿局局長、經濟部部長、立法委員、行政院長、國民黨副主席等職務，雖然長期服務中央，但也曾於民國84年參選過立委並高票當選，不過與其他候選人相較，蕭萬長選舉經驗較少也沒有地方首長經驗，但國民黨器重其財經經驗與族群特質，徵召為本屆副總統候選人。
