臺灣候任總統馬英九在臺北市長任內的特別費案，臺灣最高法院駁回檢察官上訴，做出了無罪的最終判決。
最高法院同時也駁回馬英九在市長任內秘書余文的上訴，維持其有罪判決；在三審判決後包括檢察官與被告都不得再上訴。
最高法院表示，三審進行的是法律審，僅審判二審是否有違背法令並足以影響判決結果，並不涉及證據調查與事實認定。
馬英九發言人說，馬在得知消息後心情很平常。
多起官司
馬英九除了擺脫貪污特別費的司法陰影外，另外遭到司法調查中的數起貪腐指控，也因為他當選總統後的司法豁免權而停止偵辦。
這些指控包括他在市長任內將市政府控股銀行並入民間銀行，在國民黨主席任內處理黨產交易案與黨產土地弊案，以及他在其它政府官職中的特別費案等。
與臺北市長特別費案不同的是，這些案件尚入進入法院審判程序，而僅在檢察官調查是否起訴的階段。
除非馬英九與陳水扁在國務機要費案一樣，放棄免受調查的司法豁免權，檢察官才可以對其進行調查，但即便調查有罪也不能在其總統任期內起訴。
相對於受到的指控的司法案件，馬英九也在過去一段時間控告競選對手，以及起訴他的檢察官與偵辦黨產案件的檢察官。
這些由馬英九提出控告的司法案件，則不會隨著他取得總統身份而停止調查與審判。
爭議未了
包括國民黨與民進黨要人在臺灣政府任職期間的特別費都受到司法調查或起訴，因此最高法院對特別費的相關見解也受到矚目。
馬英九此前主張市長特別費是對他的"實質補貼"，但最高法院在判決書中駁回了前審法院將特別費視為首長實質補貼的見解。
由於臺灣各級法院與個別司法人員對特別費見解不同，藍綠雙方都抱怨起訴的標準不一，這使得首長特別費案件爭議不斷。
目前因特別費案件而被法院審判的政壇要人，包括即將在下個月卸任的副總統呂秀蓮；而總統陳水扁的國務機要費案，在他下個月卸任後也可能被起訴。
而在司法調查中的特別費案，則包括了國民黨前主席連戰，以及將在下個月就任副總統的蕭萬長等人。
