馬英九主持防臺會議
芭瑪颱風受到米勒颱風和東北季風的雙重影響，路徑變化捉摸不定，並滯留巴士海峽打轉，在臺灣的東北部造成超大豪雨。
由於有兩個颱風同時逼近臺灣，加上莫拉克颱風才剛在臺灣造成50年來最慘重的災情，慘痛的前車之鑒，讓馬英九政府這回可說是如臨大敵，各部會首長全都繃緊神經，並劃分責任區，分別進駐不同縣市，進行防臺大作戰。
走為上策 全臺超過六千人撤離
馬英九在防臺會議上宣示，面對颱風應該要"料敵從寬，禦敵從嚴"。他並親自到臺東勸說危險部落的民眾撤離。馬英九強調："人不與天鬥，走為上策。"許多山區民眾在中秋節緊急連夜撤離，目前總共撤離了6千6百多人，創下史上最高記錄。
近兩個月前的八八水災，從一場天災演變成了馬英九的政治風暴，各界對馬政府救災不力的批評導致前行政院長劉兆玄下臺，而號稱行動內閣的新任行政院長吳敦義更是不敢掉以輕心。
防臺總動員 官員繃緊神經
吳敦義10月5號結束在立法院的質詢之後突訪氣象局，在午休時間進行閃電視察，災害應變中心也拉高層級，由行政院副院長朱立倫坐鎮指揮。
朱立倫強調，這次芭瑪颱風來襲，研判災區民眾是否要撤離，不光靠氣象局的預測，還要結合地方村里長以及警察局和消防隊的災情資訊，全體總動員，並在第一時間請求軍方支援，貫徹撤離的命令。
出動三萬多名軍隊 救災視同作戰
臺東縣防臺協調會
朱立倫說："我們不怕一萬、只怕萬一，不容許有任何遲疑的空間，當發布必須撤離的紅色警戒時，包括行政體系的村里長，包括警員，包括消防隊員，甚至結合志工，再加上國軍，實施快速的撤離。"
臺灣國防部喊出"救災視同作戰"的口號，部署3萬4千多名兵力，出動空中預警機以及裝甲運兵車進駐高危險地區。其中第五作戰區動員陸軍特戰部隊等單位官兵協助嘉義阿里山的村民撤離，空軍司令部特別在嘉義基地開設前進指揮所，陸軍第八軍團則針對臺南、高雄及屏東縣市，並參考歷次淹水、土石流災害發生地區，分別選定35個鄉鎮預置兵力與機具。
學者：馬政府救災危機意識提高
臺灣成功大學政治系教授楊永年從1999年九二一大地震開始，對臺灣的救災體系有長達10年的研究。他在接受美國之音記者專訪的時候指出，發生災難的第一時間，最有效率的方法就是請求軍隊支援，而行政首長應該扮演的救災角色，包括資訊的蒐集與傳輸、動員、以及促進組織之間的合作。
楊永年教授認為，和應對八八水災相比較，馬英九政府這次的反應的確有進步。他說："如果從這次緊張的程度、危機意識來看，因為過去八八水災的慘痛經驗，這一次的確是進步蠻多的，部會首長都戰戰兢兢，百姓看在眼裡，其實政府有注意到問題的嚴重性。"
W36動員令引爭議 綠營批矯枉過正
這次臺灣軍隊首次啟動所謂的W36緊急動員令，也就是三軍官兵停止休假，在颱風登陸之前必須提早36小時返回營區待命，如果有狀況，則必須要在10分鐘之內出動。由於適逢中秋假期，這項緊急動員令引起了一些軍方家屬的不滿與抱怨，民進黨前立委鄭運鵬也認為這有些矯枉過正。
鄭運鵬表示："因為國軍不是一般公司行號，他如果搬出這樣的規格，以後可能就會比照辦理，應該要做制度性討論，看國軍以後是不是要以救災為優先，重新訓練，重新定義，現在看來似乎還沒有準備到這個地步。如果不做全盤的評估，下次千夫所指的可能就是國軍。"
兩岸體制不同 救災動員力比一比
臺灣獨特的政治生態與媒體環境使馬英九政府必須面對風災政治學的嚴峻考驗，也有許多人將馬英九的救災能力拿來與海峽對岸的領導人相比。
對此，成功大學政治系教授楊永年表示："兩邊的體制不一樣，就動員力來說，我認為臺灣比大陸動員快，中國大陸那邊是從中央直接下令，我們看到媒體只有一個聲音。而臺灣的媒體有很多不同的聲音，體制完全不一樣。其實臺灣動員速度快，原因其實也是在於臺灣媒體比大陸的快很多，這就是民主制度最大的一個優點。"
楊永年教授認為，除了臺灣媒體掌握的災情資訊快速、監督政府的力量強大之外，臺灣民間的救災力量也是對岸望塵莫及的。
他說："因為我其實看過四川大地震的救災現場，大概就是軍人，其他的民間團體力道不太夠，而臺灣救災的力量是全面的，救災體系的動員，除了國軍之外，還有民間團體。就我的瞭解，我去高雄的重災區看，其實第一時間動員的都是民間團體，很多民間的力量和資源比軍隊還要快。"
專家：組織變革、教育扎根
而臺灣究竟應該如何從根本上解決防救災問題呢？
楊永年教授表示："最重要的，應該還是從加強社區的防救災能力來著手，這是最根本的，這背後跟防災教育是否扎根有關聯性。如果政府體認到這樣的問題，應該從根本著手。其實我認為有時候怪罪首長也不完全正確，因為整個災害應變中心沒有扮演好幕僚的角色，這也是一個值得重視的問題。"
專家建議，馬英九政府應該思考將災害應變中心從臨時的任務編組改為常設性的組織，才能夠發揮整合性的作用，因應每一次的突發災害，把生命財產的損失減到最低。
