馬英九承諾，擔任黨主席將以黨輔政
臺灣總統馬英九在10月17日的國民黨十八次全會上宣誓就任黨主席，他在就職講話上表示珍惜國共平臺，將繼續推動與對岸交流。
中共中央委員會對馬英九拍發賀電，表示期望國共兩黨繼續在九二共識與反台獨的既有政治基礎上，落實兩岸和平發展共同願景。
在任內兩度以黨主席身份與中共總書記胡錦濤會面的吳伯雄，卸下黨主席職務後將與連戰一樣出任國民黨榮譽主席。
馬英九在就職講話上說，連戰在2005年與胡錦濤發表的"連胡五項共同願景"對兩岸關係發展具有正面積極作用，並建議黨代表大會繼續列入國民黨政綱。
國共在搭起對話平臺後兩黨的領導人已多次會面，但馬英九與胡錦濤未來是否會用黨領導人身份會面，以及其何時會面對話，目前都不清楚。
馬英九稱國共平臺在過去幾年發揮了重要的輔助功能，並且說國民黨未來在兩岸的教育與文化交流上，可以扮演更積極的角色。
國民黨過去在臺灣長期的威權時期，同時擔任黨主席與總統職務者都是以黨領政，但馬英九稱該作法已走入歷史，他將以黨輔政。
黨內問題
國民黨在臺灣歷次的選舉中經常傳出賄選以及與黑金掛勾問題，以本屆立法院來說已有三名國民黨立委因賄選而被法院判定當選無效，而上週國民黨的中常委改選，也傳出一些參選人涉及賄選。
馬英九說國民黨對此將深切檢討確實改進，他同時也說國民黨的地方派系有其歷史背景，是民主政治的自然產物。
他稱不應該因為少數派系不良作風，而抹黑所有派系，並說將鼓勵地方派繫在民主機制下良性競爭，成為臺灣建設性的草根力量。
對於國民黨的黨產問題，續任黨主席的馬英九則說他將在年底前提出黨產處理最終方案，未來國民黨競選經費將以募款為主，不再經營任何營利事業。
國民黨在黨國一體時代取得的黨產，一直受到在野的民進黨批評破壞公平競爭的民主機制，民進黨並懷疑國民黨未真實說明其規模與處理狀況。
在馬英九上任黨主席前夕，民進黨公布一份民調說，過半受訪民眾不相信馬英九出任黨主席後有能力處理黨產問題。
針鋒相對
民進黨的該份民調中還顯示，無論是在執政表現不佳，黑金與賄選，以及擺脫地方派系包袱等問題上，過半受訪者都不認為馬英九出任黨主席後會有所改善。
民進黨主席蔡英文在馬英九就職後，對其喊話應該將國民黨黨產歸公處理，未來選舉應杜絕賄選買票，並要求國民黨讓人民有真正公投的權利。
對於與在野黨的關係，馬英九在他的就職講話上說彼此並非仇敵，他並稱如今朝野同在一條船上，應該為臺灣利益攜手合作。
不過兩位國民黨榮譽主席連戰與吳伯雄，都不忘利用十八全會上的講話，對民進黨提出尖銳的批評。
吳伯雄說，如果國民黨去年在立法院與總統選舉輸了，臺灣駭人聽聞的弊案還會被掩蓋，臺灣繼續爛下去，兩岸也許已引爆衝突點，面臨兵戒相見。
連戰則說過去幾年國民黨歷經艱辛，他稱當時的民進黨用盡一切不當的手段與資源，全力打擊中國國民黨的復興。
他並稱民進黨執政八年對臺灣造成了失落、空蕩及浪費。
