很多堅果容易受到黴菌的侵染，對人的健康危害風險最高的是黃曲霉引發的霉變。黃曲霉毒素是黃曲黴菌的代謝產物，最重要和毒性最大的是黃曲霉毒素Bl，其半數致死量僅為0.36毫克/公斤體重，屬特劇毒的毒物範圍。它的毒性比氰化鉀大10倍，比砒霜大68倍。黃曲霉毒素引發的急性中毒，主要是損害肝臟，誘導發生肝炎、肝硬變、肝壞死等。臨床表現有胃部不適、食慾減退、噁心、嘔吐、腹脹及肝區觸痛等；嚴重者出現水腫、昏迷，以至抽搐而死。黃曲霉毒素是目前發現的最強的致癌物質。研究發現黃曲霉毒素能誘使動物發生肝癌，也能誘發胃癌、腎癌、直腸癌及乳腺、卵巢、小腸等部位的癌症。黃曲霉毒素污染是全球性的問題，包括一些發達國家，污染也相當嚴重。我國主要在南方高溫、高濕地區對食品的污染比較嚴重。
2．油脂酸敗導致的健康危害。
很多堅果都含有較多的不飽和脂肪酸，這類成分一方面具有特殊的營養價值，同時也容易發生氧化酸敗的問題。這種變質很容易辨別，一般人都能通過細聞或是品嚐發現果仁酸敗（變哈）的現象，從而能夠正確選擇食用、避免危害。
3．濫用化學處理防變質
熟制的堅果果仁在貯存過程中容易發生脂肪酸的酸敗問題，而使產品失去商品價值。因此，廠家一般都要採取一些措施控制堅果的酸敗變質問題。化學抗氧化劑的應用十分普遍，違規違法使用這類化學添加物的行為時有發生，這對消費者的健康構成潛在的危害。一些人工合成的抗氧化劑本身也有一定的致癌性。消費者很難識別濫用化學抗氧化劑問題，只能依靠監管部門的認真監管，才能保證消費者的安全。
4．濫用調味美容製劑
監管機構發現，一些瓜子生產者在生產中有濫用工業色素、工業石蠟的行為。很多非食用色素具有很強的致癌性。工業用石蠟也常常含有緻癌性的雜質成分。有的堅果生長在高溫高濕的環境下，容易出現黴菌侵染問題或是其它因素導致的外觀品質不佳的問題。一些加工者往往會使用漂白劑，如二氧化硫類的化學品，對堅果進行美容處理、消除雜色斑跡。這往往也會導致果仁含有過多的有害化學物質的殘留。特別是開心果類的裂果類堅果，果仁中更容易蓄積有害處理藥劑。這些美容化學品對人體健康具有很大的危害性。一些有害成分會引發人體的不適反應，特別是口腔組織的異常變化。細心注意觀察自身反應的人，能夠辨別這方面的危害問題。
5．過敏性危害
各種堅果都有獨特的、令人喜愛的風味，一般也都含有一些特殊的蛋白。並非人人都能適應這些蛋白。一些敏感體質的人對稀有的蛋白比較敏感，容易出現過敏反應。目前對花生過敏機理研究的較多，而對其它堅果的致敏成分瞭解較少。另外，散裝堅果仁在存放過程中，
