公元1601年，那時叫萬曆二十九年，51歲的黃克瓚被任命為山東巡撫。此前4年，他一直是這一方土地的二把手———山東布政使。這天，坐在珍珠泉撫署大堂 上，黃克瓚正給即將赴任滄州的親友張某寫回信，回憶自己步入仕途的經歷，他提出了「親民」的執政理念：「職在親民，若加意吏治。為民造福，便可垂不朽之 名……千緒萬端，總不出清、慎、勤三字。」(《數馬集·答張滄州親丈》)黃克瓚是這樣說的，也是這樣做的。為了「為民造福」，在任上他甚至不惜多次與當朝天子直接叫板。
萬曆親政以後，內廷靡費劇增，國庫日漸拮据，加上「萬曆三大征」費銀1300餘萬兩，乾清宮、皇極殿、建極殿、中極殿相繼發生火災急需修復，黃河又多處決口、河工方興，面對種種財政困境，萬曆皇帝想到以開採礦藏、增加稅收的辦法來彌補財政赤字。礦稅太監，正是在這種 情況下應運而生。礦稅太監假借聖命，每到一處便橫徵暴斂，肆虐百姓，貪贓枉法，自然激起一片民怨沸騰。萬曆的這種弊政，理所當然也使一些省部級高官產生了牴觸情緒。他們紛紛上疏，請停礦稅。山東巡撫黃克瓚，就是其中之一。《明史》稱讚他：「請停礦稅，論劾稅使陳增、馬堂。他惠政甚著。」
萬曆二十七年(1599年)四月二十四日，山東臨清發生了抵制礦稅的「民變」。根據明朱國楨《湧幢小品》卷九《王葛仗義》記載，礦稅太監馬堂到任臨清後，招納當地亡命之徒數百人，打著朝廷旗號整日巡行街上，見富有者即沒收產業之半，對小商小販的斗粟尺布也要搶奪。結果，造成了「中家以上大率破，遠近蕭然罷市」的局面。以負販為業的臨清人王朝佐執杖到馬堂衙門請見，引起「州民歡呼，荷擔隨以萬數」。馬堂不敢出面，命令隨從放箭鎮壓，導致多人受傷。據時任山東巡撫尹應元報告，事變經過是這樣的：
那天未時(下午)，有腳夫小民三四千人，聚眾包圍馬堂衙門，聲言：馬監丞招募來的徵稅吏役，不遵守先前頒布的「雜糧十石以下及小生生意免稅」的規定，在本州新、舊城，對揹負米豆作小生意的人，也盡行抽稅，以致販賣通不進城，小民度日不前。人群齊聲喊叫，衙門內突然衝出一些兵丁，手持弓箭、木棍，趕人射打，並捉拿了五六人，關進門內。這時外邊高喊：裡面殺死人了！於是，義憤之下，「(王)朝佐攘臂大呼，破戶而入，縱火焚其衙署。」臨清守備王煬見禍起蕭牆，冒火救出馬堂，馬堂爪牙被打死三十餘人。
事後，馬堂卻向皇帝密報，誣陷王煬煽動民變。萬曆皇帝接到奏報，不問是非曲直，下旨嚴懲所謂「惡首」，而真正的罪魁禍首馬堂卻逍遙法外。此時，黃克瓚正在山東布政使任上，直接負責處理此事。針對礦稅太監的種種劣行，黃克瓚倍感深惡痛絕。他多次上疏彈劾，卻都石沉大海。他堅持認為，臨清民變的根源就在於馬堂的橫徵暴斂。升任巡撫不久， 他就奮筆寫下《參臨清稅監侵欺稅銀疏》，徹底揭露了馬堂貪污銀兩、禍害百姓的纍纍罪行，並懇請停止礦稅徵收：「(馬堂)以河道為名，委曹世臣、周昌輔、陳王道、薛傑、顧柄等攔搶貨物……抽稅七年，隱匿稅銀一百三十萬兩……臣愚以為國家之物當還國家，百姓之財當助百姓。」《閩中理學淵源考·襄惠黃鐘梅先生剋瓚》也記載此事：「(黃克瓚)升巡撫。時稅礦病民，抗疏極論，並劾稅監陳增、馬堂不法事，嚴治其黨。」
彈劾馬堂後，為了請停礦稅，與民休息，黃克瓚在巡撫任上又先後寫了《請乞乘時停免稅務疏》、《地方極災乞停榷稅疏》等上疏，他認為：「生財之道在杜其耗之之端，不在廣其取之之途。」並尖銳地指出，礦監橫行各地，已造成民心渙散，社會動盪，加上連年天災，時局已到了一觸即發的危險地步，「及今不罷，恐陳勝、吳廣復起於秦，而黃巾、赤眉復起於漢也。」
萬曆三十年(1602年)二月，萬曆忽患危疾，急召首輔瀋一貫入宮後殿。迫於壓力，他決定停止開徵礦稅， 召回礦稅太監。萬曆慘兮兮地說，設礦監征礦稅，實在是不得已而為之。哪知，第二天萬曆皇帝又緩過來了，睜開眼睛第一件事就是叫太監趕緊把那個諭旨追回來。 司禮太監田義據理力爭，勸他不要收回成命，氣得萬曆拔出刀來就要殺他。(《明史·瀋一貫傳》)
消息傳到濟南，對萬曆出爾反爾的行為，黃克瓚表示出急切不安，於同年閏二月寫了一篇《信詔令以廣聖德疏》，義正詞嚴地指斥皇帝言行不一：「臣撫東土，目擊小民困於礦稅，明有包納之苦，暗有巧取之害，日夜思望停止，如大旱之望雨也……竊惟國保於民，民保於信，人民所以聯絡億兆，唯此信之一字。若一事而二三其令，則民亦二三其心。霸主一失信， 尚不能宗長諸侯，況以天子而失信於民乎？」「伏望聖心幡然悔悟，將礦稅仍行停止。」一個省級官員敢向皇上叫板，並要求皇上「幡然悔悟」，其勇氣真乃可嘉可嘆！萬曆三十二年十二月，萬曆終於作出妥協，宣布召回礦監。但這一弊政帶來的惡劣影響卻延續了整個萬曆時期。
從1601年開始，黃克瓚在山東巡撫任上一幹就是12年，其德政受到一致好評。「當官不避難，立朝不樹黨，任事不顧私。」(楊景辰《數馬集序》)黃克瓚這個門生對黃巡撫的評價可謂名至實歸。
