李自成攻入北京後，軍紀相當的嚴明。大順軍在北京一共經歷了四十二天。大順政權當時佔領的範圍，包括了整個西北、華北、山東、河南兩省、湖北、江蘇的部分地區。大順政權的主要政策包括：一、接管政權，穩定人心。二、向南方地區派兵佔據要地、委派地方官穩定地方。叁、調軍南下，準備南征南明朝廷。四、準備即位有關事宜。五、清點府庫，沒收皇宮、宗室、勛戚、太監的財產，打擊官僚。就這些政策來看，李自成並沒有被勝利沖昏頭腦，也不存在急劇腐化，政策並沒有任何錯誤。經歷山海關兵敗後才出現軍紀問題，但總的來說，李自成的失敗並不是因為腐化問題。那麼李自成失敗在哪兒呢？
一、人才的錄用。
李自成文官除牛金星、顧君恩外，其他多是明朝降官。大順政權後期缺少的是瞭解情況、統籌全局、能夠制定戰略方針的人才。投降大順政權的明朝官員中，並不缺少有才能的人，其中有的後來被清廷選拔為六部首腦甚至大學士。可是大順政權規定的是文官受武將節制制度，要求的是起義將領居於支配地位，對降官不能重用，這就是戰略上的最大錯誤。李自成過於迷信軍事上的勝利，在政治上沒有作為。這與他缺乏政治上的遠見和不能夠重視政治治理人才有關。他的軍餉主要來自追贓助餉，這樣能夠做到不擾民而補給充足，但是畢竟不是長遠之計，軍隊龐大，需要大筆的開銷，樹敵多，沒有開展農業生產，缺乏合適的政策在佔領地上實行，沒有得到農民的支持，看上去佔領大片領土，其實並沒有良好的治理，而這些政治上的政策不是武將能夠瞭解的。一旦兵敗，馬上就不可收拾，號稱百萬大軍的大順軍之所以到後期毫無抵抗力，一敗塗地，也就是這個原因。滿清在入關以前就網羅了範文程、洪承疇等人，在決定戰略方針時能夠徵求他們的意見；入關以後，對明、順兩個政權的官員一概收攬，還多次命令已經投降的漢族官員推薦人才，動員他們寫信招降。對曾經對仗的敵人也以前所未有的器量容納。可見人才只有在能夠重用他們的君王手下才能夠發揮自己的才能和作用。
二、追贓助餉。
大順政權堅持「叁年免征」賦稅政策，通過沒收明內帑、宗室、勛戚、太監的家產和對明朝官員實行追贓助餉的辦法，來解決財政問題。攻克北京後，繳獲屬於皇帝的私財(即內帑)，可信的說法大概是白銀叁千七百萬兩，黃金一百五十萬兩，數量相當龐大。就戰略而言，大順軍在進入北京以後，大規模地實行追贓助餉是不合時宜的。當時僅沒收的明廷內帑，就足夠大順政權兩年以上的全部支出，不存在財政上的緊迫性。並且，李自成沒有考慮到進入北京後客觀形勢的變化，政策上沒有作出相應調整。在大順政權統治地區內普遍地推行追贓助餉，使各地官紳人人自危，造成樹敵過多的局面。當然，其間最大的失誤就是造成了吳叁桂的倒戈。
之前李自成讓吳叁桂之父安撫吳叁桂，並且順利交接了山海關。但是在京城裡，沒收吳叁桂的大筆財產、將吳叁桂的家人下獄、甚至劉宗敏搶走吳叁桂的愛妾陳園園，使得本來對李自成不太信任的吳叁桂失去了對李自成的信心。直接導致了吳叁桂的奪回山海關、交好滿清，以國破家亡的哀兵抗擊大順軍。
李自成進攻山海關失敗，在於低估了吳叁桂的實力和當前的形勢。吳叁桂的遼東兵力其時只有叁萬，卻是整個明軍中最精銳的部隊，與滿清的搏鬥中積累了豐富的戰鬥經驗，而且據關而守，有火炮相助，再加上滿清上十萬鐵騎的出其不意。李自成的大順軍實力也是相當的強，並且有兵力上數倍於敵人的優勢，山海關險要，可畢竟此時此刻不比吳叁桂差，有整個大明作為後援的抗擊滿清，說吳叁桂是負隅頑抗也不為過。李自成首先將山海關團團圍住，還意圖勸降。這樣延誤了戰機。攻擊山海關的時候，面對的是明軍中的最強軍力，抵抗之強是李自成沒有料想到的。即使是這樣，如果沒有清兵出現，山海關還是可以攻下來的。
可是多爾袞抓住了這稍縱即逝的戰機。在吳叁桂兵力接近崩潰的時候殺了出來。突然出現這個效果是吳叁桂和多爾袞刻意隱瞞造成。李自成在毫無心理準備的情況下，看到突然出現的龐大數目辮子軍，知道這一戰必敗無疑，所以選擇了主動離開戰場，不久殺害吳叁桂的全家，放棄北京城。在軍事指揮上，李自成的能力極高，並不存在大的失誤。是政治上的失誤導致了李自成的失敗。之後李自成經不起屢戰屢敗的打擊，又漸漸剛愎自用，重用牛金星，殺害大將李岩，自潰長城。儘管手上有幾十萬的軍力，但是在天才將領吳叁桂及其遼東精兵、多爾袞的滿清鐵騎，還有南明的部隊合力攻擊下，迅速的兵敗了。
