反右鬥爭一開始是從批判章伯鈞、羅隆基等民主黨派人士發軔的。除少數「特許受保護者」之外，幾乎所有民主黨派和民主人士都被打成「右派」，被判為「反黨反社會主義」的階級敵人。這樣，把民主黨派和非黨人士在聯合政府中任職的人物排除政權之外。
在新民主主義革命階段，需要聯合民主黨派和民主人士，但那時毛澤東對他們也是很不放心的。民主黨派是個複雜的綜合體，其中既有親共、聯共者，也有疑共者。在批判艾奇遜白皮書的《丟掉幻想，準備鬥爭》等系列文章中，毛就借批判美帝國主義之名，重重敲打了「民主個人主義者」和「自由主義者」，稱他們為 「中間派和右派」。其所指者，正是民主黨派、非黨的民主人士。可以說，在聯合民主黨派之時，就已經隱隱約約地「反右派」了。
整肅、鎮壓黨內外知識份子
整肅黨內外知識份子首先是作家、藝術家、教授、學術界和文化界人士，其中許多人是社會的精英。這是「反右運動」數量最大、影響深遠的一個層面。此前，已有「思想改造」運動、批《武訓傳》、批俞平伯《紅樓夢》研究、批馬寅初、批胡風（「反革命集團」）等等……名目不一，都是整知識份子。但畢竟是局部的。到反右派，則是對整個知識份子的一次「全面大清剿」。
理論上，毛澤東始終把知識份子看做資產階級的一部分，是社會主義的革命對象。通過工商業、手工業和農業的社會主義改造，從經濟上戰勝、消滅了資產階級之後，就提出要在意識形態領域裡戰勝資產階級，其矛頭即針對知識份子。把大批知識份子打成右派，是他急於超越新民主主義（消滅資本主義）、急於過渡到社會主義（農業社會主義）的重大舉措，是從經濟領域向思想文化領域擴展的「滅資」的革命戰略。
毛澤東把大批知識份子打成右派，興造文字獄，建立了輿論一律體制，形成思想專政、文化專政。從這個意義上說，清剿知識份子是反右運動的思想文化層面。知識份子較多接受民主自由平等的現代思潮影響，而毛澤東只是把自由民主作為奪取政權的手段。反右鬥爭奠定了統治全國的思想文化專政，而思想文化專政是無產階級專政、一黨專政、領袖專政必不可少的重要組成部分。
剪除地下黨
在解放初期，對地下黨就有「降級安排，控制使用，就地消化，逐步淘汰」的「16字方針」。各地區地下黨分別以「地方主義」、「反黨集團」等名義遭到清洗。其中的領導幹部，尤其被視為「心腹之患」。1957年8月，毛澤東在《1957年的夏季形勢》一文中，提出「黨內有納吉」，就預示著反右鬥爭是包括黨內領導幹部的。1958年3月成都會議上毛澤東舉浙江沙文漢的例子。
浙江省長沙文漢，省委宣傳部代部長、原南京地下市委書記陳修良（解放後依次降為浙江省委宣傳部代部長），首先成為黨內職位最高的大右派。沙文漢和浙江省委領導幹部楊思一（副省長、原浙東遊擊根據地金蕭支隊領導人）、彭瑞林、孫章錄（原蘇浙皖邊區工委副書記）等四人被冠以「地方主義反黨集團」，打成右派。四人之外，另有三位省委委員被打成右派。
原地下黨雲南省工委書記、滇桂黔邊區黨委及下屬的滇桂黔邊區縱隊（簡稱「邊縱」）領導人鄭伯克，在1954年就被扣上「最惡劣的地方主義」帽子加以批判。1957年開始，雲南大量地下黨和邊縱幹部被打成右派，1958年又進行「反右、反地方主義、反地方民族主義」補課，把省管幹部158人，其中原地下黨和邊縱幹部122人全部劃為「右派份子」。其中，原地下黨昆明市工委書記、滇西工委書記、滇西人民自衛軍指揮員黃平（後為改編的解放軍滇桂黔七支隊司令員兼政委），被反覆批鬥，劃為「右派份子」。雲南省委組織部長鄭敦（原滇桂黔邊區黨委常委）、副部長王鏡如被打成「鄭王反黨集團」。四川地下黨擁有大量黨員及其領導的外圍組織，並建立和發展了華鎣山武裝鬥爭根據地。但在解放後、特別是重慶及四川各地區合併為四川省委之後，這支力量遭到連續不斷的迫害，反右鬥爭就是大規模迫害地下黨的一次。地下黨老黨員張文澄解放前曾擔任四川省委副秘書長，解放後任重慶市委常委、宣傳部長，1957年被批為「右派反黨集團」頭子，同案有地下黨謝予、盧光特、趙隆侃等約20人被劃為右派。這期間被劃為右派的地下黨領導骨幹還有趙唯（1935年領導雲陽武裝暴動、華鎣山武裝起義後擔任川東遊擊縱隊司令員）、廖林生（原川南工委書記）、範碩默（原川東區黨委領導骨幹）等多人。他們中被打成右派的原因，不過是對省委那個一把手提了些意見，或者對省委歧視地下黨幹部表示了不滿。
清洗「反冒進」的領導人
在50年代後半段，政治鬥爭和思想文化領域的鬥爭，是與社會主義改造和建設中的路線鬥爭交叉進行的。1957年黨的八屆三中全會上，毛澤東開始批判反冒進。1958年1月到4月，他在杭州會議、南寧會議、成都會議、漢口會議、廣州會議上，嚴厲批判農業合作化運動中的保守思想，批判跟不上他的大躍進運動步伐的領導人。周恩來提出「既反保守也要反冒進」的主張，得到劉少奇等一大批領導人的支持，卻使毛澤東大為光火。在南寧會議上他指責反冒進是非馬克思主義的、是資產階級的思想，說周恩來等人「離右派只有50米了」。他認為，黨內反右運動是一次「新式肅反」，「這實際上是一次清黨，一千二百萬黨員中，清除二十萬、百把萬，不算多」。隨之在全國開展了一個「反反冒進」運動，把許多黨內領導幹部打成右派。在成都會議上他點了廣東、廣西、安徽、山東、浙江、新疆、甘肅、青海八個省區的名。1958年1月，安徽省委書記、副省長李世農，省委組織部副部長楊效春，省副檢察長李銳，司法廳副廳長陳仁剛等人被打成「右派反黨集團」。李世農等人的「罪過」，是不同意省委的反右傾決定。1958年2月，甘肅省副省長孫殿才及省一級的領導幹部梁大鈞、陸為公、劉餘生、王新潮等人被開除黨籍，定為右派集團。孫殿才等人認為，農業合作化運動中存在過急的左傾錯誤，造成農業減產，虛報糧食增產的歪風；並主張允許種自留地等「小自由」措施等。他們被批判為「反對社會主義、保護資本主義」。以類似理由而被劃為「右派反黨集團」的還有：廣西以副省長為首的「反黨右派集團」（包括省委常委王夢周，委員廖原、駱明、王浩，候補委員廖聯原，自治區副檢察長許江萍等人）；山東省副省長王卓如、副省長袁子揚；河北省委常委劉洪濤、省工會主席杜存訓；中共青海省委書記、省長孫作賓；新疆自治區黨委書記處書記賽甫拉也夫，常委伊敏諾夫、艾斯海提等。廣東省委書記、省長古大存，副省長馮白駒，此前就已被戴上「地方主義」的帽子，現又加戴「右派」帽子。
河南省委第一書記潘復生、省委書記楊玨、副秘書長王庭棟等被批判為反黨反社會主義的「右傾機會主義分子」。「右傾機會主義」和「右派」帽子大小尺寸雖有所不同，但都是「反反冒進」鬥爭、清除黨內持不同意見的高層領導人，為推行左傾冒進路線所採取的清黨措施。實際上，在黨內領導層開展反右派鬥爭，既是 1959年廬山會議大反「右傾機會主義」的序幕，也是為後來打倒劉少奇等黨內最高層領導人作出的政治鋪墊。在黨內領導層中開展反右派（反右傾）鬥爭，進一步鞏固了毛澤東「一言九鼎」的領袖專政。規定各單位百分之幾劃為
右派原來規定小學、中專、農村不抓右派，實際上都已突破。為達標而被劃為右派的，大量的是並無明顯政治傾向、在政治生活中被視為無足輕重的小人物。這是與反右鬥爭原定的堂而皇之的「目標」毫不相干、與上面規定的「右派標準」也挂不上鉤的一個層面。他們被劃成右派，或者是由於響應黨整頓作風的號召，自願地或者被迫地為了湊足或趕超劃定右派的百分比。
毛澤東在《事情正在起變化》一文中提出這樣的估計：右派佔全體黨外知識份子百分之一、百分之三、百分之五到百分之十。
這種運用指標指揮運動，是最高領袖以運動治黨、運動治國的一貫做法。這種百分比是無根據的主觀判斷，卻使大批無辜者蒙冤。反右鬥爭被列為「中右分子」
這些人大概是「候補右派」。其中許多人在批鬥之後，或者處以黨內、行政處分，或採取嚴格的控制使用。他們因免於戴上右派帽子，以求自保。這是反右派鬥爭中的一個若明若暗的層面。
他們的情況比較複雜。也許，在知識份子成堆的地方，如新華社，在欽定的大右派李慎之之後，有一大串的名記者（如戴煌）、名編輯（如莊重）、名翻譯（如董樂山）等被列入右派名單。在這個名單上沒有排上隊的，就只能算是「中右」了。大概，我是其中之一。當時，我剛從地方上調來新華社，根據毛主席「新華社要把地球管起來」一句話，打算把我派到國外（科倫坡）當記者。只因我在鳴放中寫了一張主張新華社也應「民主辦社」的大字報，被批判為「嚴重喪失立場」，受到黨內紀律處分。
根據解密的中央檔案，全國打出的右派達3，178，470人，加上「中右」分子1，437，562人。兩者相加，共461萬多人。除了正式被劃定的右派外，還有一批沒有正式戴右派帽子的右派，他們並未列入黨委核定的右派名單，但其待遇等同正式劃定的右派，照樣送去勞動改造，照樣忍受二十幾年甚至更長時間的非人待遇。有人戲稱之為「編外右派」。這類編外右派究竟有多少人，已無從查考。
