日本人對宗教的寬容是因為他們本質上屬於多宗教信仰的民族。早在繩文時代，日本就存在萬物有靈的泛神信仰。後來隨著社會的發展，雖然逐漸出現了神道、佛教等主流宗教，但是日本民間仍然習慣供奉許多神靈，如八幡神、天神、山神、鬼子母、富士神、稻荷神、產神、子安神等不一而足。所以，日本又有「八百萬神靈之國」的雅號。
由於神靈太多，日本人的祭祀活動也很頻繁。日本媒體幾乎每個星期都會報導不同地區日本人的祭祀儀式。雖然神靈不同，祭祀儀式規模也多種多樣，但大體上都是以某種方式把神靈迎接到人間，以食品供奉，以歌舞等歡慶祝賀，最後燃火送神。日本的神道教實際上是在上述眾多民間宗教中逐漸發展起來的，該教以天照大神為最高神。
但是和其他宗教不同的是，神道教沒有系統的教義、教團章程和傳教儀式，所以該教實際上是日本多神教的綜合體，其自身還包含宮廷神道、神社神道和教派神道等流派。日本明治維新之後，統治者為利用神道加強皇室權利，1868年勒令神佛分離，宣布宮廷神道教為國教，實施政教合一制度，天皇由此成為日本統治者控制國民、對外侵略的工具。
但是，二次大戰以後日本被迫進行民族改革，實施政教分離，天皇也被迫通過發表《人間宣言》放棄在神道教中的地位，神道教組織也由國家機構變為民間組織。時至今日，日本國民仍然普遍信仰神道教，據統計，日本各地有神社等設施18萬多個，信徒超過1億人，在日本宗教界中居於首位。
擁有1億2千萬人口的日本有1億神道教信徒，這並不意味著佛教信徒不到2千萬。事實上，在日本信奉佛教的人同樣接近1億，和神道教旗鼓相當。這意味著很多日本人是腳踩兩隻船，穿梭於神佛之間。日本人信佛者如此之眾是因為佛教具有很長的歷史淵源。
在公元6世紀，佛教由印度經過中國、朝鮮半島傳入日本。7世紀初聖德太子下詔大興佛法，佛教開始廣為傳播，但同時出現佛教勢力過大，戒律混亂等弊端。公元8世紀，中國鑒真大師東渡日本，推行受戒等佛教制度，極大的推動了日本佛教的發展。佛教在廣泛傳播過程中，還和日本固有的神道教相互滲透逐漸日本化、世俗化，以接近於國民的生活方式。比如現在日本影響很大的日蓮宗教派，放寬了傳統佛教對修行「超度」的嚴格要求，表示只要相信阿彌陀佛的教導，念一次佛號就可以往生極樂；在戒律方面也打開方便之門，不僅不戒酒葷而且允許教徒結婚生子傳宗接代。回顧歷史，可以說佛教是在日本文化走向繁榮飛躍的關鍵時期傳入的，因此長期以來對日本人的道德、審美意識以及各種藝術都產生了深刻影響。
現在日本有寺院77，000多所，形成270個教團。和中國佛教不同的是，日本佛教雖以出世為教旨，但積極參與社會。如日本佛教界的蓮教宗的創價學會就在日本政壇有著重要影響，不少日本僧人還是中日友好關係的推動者，他們經常來到中國參加法事，為兩國的和平友好祈福。
與神道教、佛教相比，基督教傳入日本較晚，對日本文化的影響也相對小一些。在公元16世紀，西方的基督教開始傳入日本，一度得到日本統治者的許可，實力和影響迅速擴大。到17世紀初，全國天主教徒已增加到75萬人，並對當時神道教和佛教等主流宗教構成挑戰，一些下層教民打著上帝的旗幟發動反對封建領主的暴動。於是，日本統治者開始對基督教採取嚴禁措施，制定「踏繪」制度，通過讓國民踐踏耶穌「聖像」來判別搜捕教徒，甚至採取火刑等酷刑懲罰信教者。直到明治維新時期，日本才解除對基督教的禁令。但在日本宗教界，基督教一直處於從屬地位。二戰以後在盟軍的佔領和支持下，一度得到較大發展，教徒目前已達到150多萬，但是其規模和影響遠遠無法和神道教及佛教相比。
由於日本人在宗教問題上的寬容性，結果就出現一個奇妙的統計學現象。如果按照每個國民所信奉宗教進行分類統計後求和，就會發現日本各類教徒總數超過日本人口的2.8倍，這意味著每個日本人平均要信奉2.8種宗教。
日本人的婚禮多在神社操辦，但在寺院和教堂舉行的也不在少數，更為有趣的是約有2%的日本人先在神社舉行婚禮後，再依次到寺院、教堂舉行婚禮，這樣三大教誰都不「得罪」，可以同時得到佛祖、基督和神的「共同保佑」，禮數可謂週到之至。至於喪禮，在日本同樣分為佛教式、神道式、基督教式，選擇哪一種宗教儀式，全靠舉辦者便宜行事。
當今不少日本家庭既有佛壇又有神龕；很多日本人既到神社祭拜，又參加寺院的佛事活動，而且不影響過聖誕節。記得曾經有個中國學者看到一位日本小姐拜神又禮佛的情景後，好奇地詢問為什麼神道和佛教兩種不同的宗教你同時都相信呢？結果得到的回答是：「因為他們都是神，不管什麼樣的神，相信他總是有好處的。」可以說，這位小姐的回答頗具代表性，生動反映了日本人在宗教問題上的現實主義態度。
但是神道教也好、佛教也罷，在當代日本人心中的神學意義越來越淡薄，而「倫理和儀式的味道」越來越濃厚。人們和宗教的「主僕」關係正在發生根本性的變化。人們不再像古人那樣受宗教的約束駕馭，屈從於「神」的教義規範，而只是遵守其和社會道德倫理相符合的一些說教，或在生活精神產生某種需要的時候，去自由選擇「拜望」一下某個宗教中的「神」，求它一個「幫助」而已。因此，前面提到的兩億多教徒只是因為形式上參與過某種宗教活動而被統計在冊，實際上據調查骨子裡不信任何宗教的日本人已佔到國民總數的60%，青少年中實際上缺乏宗教觀念的已達到80%。由此可見，在現代日本社會，宗教實際上已被多數國民視為滿足精神需要的工具。
但是進入20世紀90年代以後，日本社會曾掀起一股宗教熱潮，主要表現為新興宗教如雨後春筍大量出現。這些新興宗教有的是附會重新解釋神道教或佛教教義而創立的；有些是從外國傳入或新創立的。他們的共同特點就是組織嚴密，充分利用廣播、電視、電腦網路等現代媒體宣傳造勢，利用日本泡沫經濟破裂後出現的不景氣、政治腐敗、社會道德淪喪、人情淡漠、環境污染等社會問題激起人們的心理共鳴，然後再利用一些現代科學沒有證實的神秘現象和偶發事件作為教義證據，通過渲染教主超自然神秘力量，甚至採用現代公關手段拉攏控制教徒。由於日本政府、法律對宗教的「寬容」和社會基礎的存在，上世紀90年代日本新興宗教數量最高時達到2000多個，信徒超過1000萬人。新興宗教的大量出現，難免泥沙俱下，魚目混珠，一些邪教趁機發展，危害社會，並使日本人一度付出血的代價。
