三峽工程的負面效應終於被官方承受，國務院會議首次表態，「三峽工程在發揮巨大綜合效益的同時，在移民安穩致富、生態環境保護、地質災害防治等方面還存在一些亟須解決的問題，對長江中下游航運、灌溉、供水等也產生了一定影響。」
如此表態，使得公眾重新懷念起黃萬里其人其事，在網間引發悼念高潮。黃萬里，1911年生於上海，著名水利專家、民主人士黃炎培之子。早年曾經留學美國，1936年獲水利工程學博士學位，1937年春學成歸國，也被認為中國首個學習過水文學的水利專家。
今天我們記住黃萬里，並非其主導的水利工程，而是因為他對於三門峽工程以及三峽工程的異議。上世紀50年代，在蘇聯專家幫助下，中國決定動工黃河三門峽大壩，力圖以人力一清黃河。當時水利部召開討論三門峽水利規劃方案之際，參會有70多位專家學者。迫於「聖人出，黃河清」的言論環境，唯有黃萬里反對三門峽水庫，他公開表示：「你們說‘聖人出，黃河清’，我說黃河不能清，‘黃河清’，不是功，而是罪。」期間，他進行了長達7天的辯論，無果而終。
最終，三門峽大壩上馬，而其後造成的斷流、洪災危險影響無數人生活，幾十年並未好轉，無一不如黃萬里所預期。事後，黃萬里曾經多次表示，技術上說明三門峽大壩不該建並不難，可惜眾多專家無人敢於堅持。對此，黃萬里未能釋懷，寫了小說《花叢小語》，1957年發表於《新清華》。
小說直接諷喻三門峽之事，借人物之口直舒胸襟：「文人多無骨，原不足為奇，主要還是因為我國學者的政治性特別強。你看章某原來有他自己的一套治理黃河的意見，等到三門峽計畫一出來，他立刻敏捷地放棄己見，大大歌德一番。並且附和著說：‘聖人出而黃河清’，從此下游河治。他竟肯放棄了水流必然趨向挾帶一定泥沙的原理，而靦顏地說黃水真會清的，下游真會一下就治好，以討好領導的黨和政府。試想，這樣做，對於人民和政府究竟是有利還是有害？他的動機是愛護政府還是愛護他自己的飯碗？這些人也就是我們的黨和政府最喜愛的人才。」
這番言論，被毛澤東批示「這是什麼話？」甚至開創了《人民日報》批判右派的文體。黃萬里不僅劃為右派，而且下放多年，在政治運動中甚至被誣為「貪污」。直到上世紀80年代，才重見天日。根據黃萬里長子黃觀鴻回憶，黃萬里在上世紀60年代曾經有「摘帽」機會。當時，毛澤東曾在新春座談會上對黃炎培說：「你兒子黃萬里的詩詞我看過了，寫得很好，我很愛看。」據說，當時只要寫份檢查即可「摘帽」，但是黃萬里並不願意。
黃萬里因為不肯寫檢查，右派帽子一戴很多年，摘帽之後仍不改風骨。上世紀80年代起，他屢屢就三峽工程之事再度挺身而出，預言「三峽高壩若修建，終將被迫炸掉。」也正因此，黃萬里建言多達6次，屢挫屢上，「我要求中央領導給我30分鐘的時間，聽我匯報就可以把問題講清楚，可惜無此機會。當年三門峽還讓公開辯論7天，現在沒有人和我辯論，雜誌上也不刊登我的不同意見，我是看不到三峽建成後的後果了。你們還能看見，幫我記著看看，但願我的話不要言中，否則損失太大了。」
於是，直到黃萬里2001年離開人世，仍舊對於三峽工程念茲在茲，所留遺書，也與水利有關，「治江原是國家大事，蓄、攔、疏及挖四策中，各段仍應以堤防‘攔’為主。漢口段力求堤固。堤臨水面宜打鋼板樁，背水面宜以石砌，以策萬全。盼注意，注意。萬里遺囑2001年8月8日。」
當然，三峽工程與三門峽不同，目前尚未到蓋棺論定時候。學術可以存在異同，但是前提在於出於本心而非政治、權貴壓力。當前種種神化黃萬里的言論更是另一種荒謬，也違背了他的初衷。但是，作為一名學者，對於自身理念的堅守，體現了「獨立之精神自由之思想」，無論在什麼時代，都應該得到應有的尊敬。
世間已無黃萬里。諷刺的是，當年之所以批判黃萬里，因為他的「不識時務」，為反對三門峽工程以及三峽工程遭遇諸多冷遇；今天，人們之所以記住黃萬里，也正是在於他的堅守，然而這位科學家一生良知所追求的意見，仍舊未能抵禦時代大潮的無情衝擊。
黃萬里詩詞俱佳，曾寫下《夢吟絕筆》：一死明知素志空，九州行水失斯翁。但教莫絕廣陵散，枉費當年勞苦工。其孤獨姿態躍然紙上，有如魯迅所謂的「戰士」：「我不過一個影，要別你而沉沒在黑暗裡了。然而黑暗又會吞併我，然而光明又會使我消失。」
行文到此，不得不掩卷反思。種種重大公共政策，其效應往往難以在短期之內展現，但是卻直接影響了幾代人的生活，不可不慎。馬寅初之於人口論的「異議」如今已成為常識，而當時卻絲毫不見容於世。我們感謝馬寅初、黃萬里之輩的堅守，然而如果把13億人的未來，押寶於這些不世出的孤獨鬥士的成功，那麼民族希望何其渺渺；再堅韌的脊樑如黃萬里，一己之力也撐不起如許之大的國民期待。
公共政策最大風險或許就在於信息不透明，當黃萬里等人遠去之後，我們是否應該反思盡力回歸公共政策的本義，也就是「公共」的題中之義，拓展公共空間，包容異見，如是，才有可能延展出更多類似黃萬里式的人物。
