日本是全球交通最發達的國家之一，也許初來咋到會被東京如蜘蛛網一般的地鐵、電車線路圖嚇到，但習慣以後就能體會到它的舒適與便利。
航空
日本是個島國，到日本去的最為方便的交通工具是乘坐飛機。日本的航空公司"日本航空(JAL) "、"全日空(ANA) "都有連接歐洲、亞洲和美洲各主要城市的龐大的航線網路。另外，世界各國的主要航空公司也有飛往日本各主要城市的飛機航班。
日本主要的國際機場是成田國際機場、位於名古屋近郊的中部國際機場以及位於大阪近郊的關西國際機場。從這三個機場出發，有很多搭乘方便的飛往日本國內各城市的飛機航班。
另外，位於東京都大田區的另一個國際機場羽田機場也開也開通多條直飛北京、上海的航線，縮短了到達東京以後進入城區的距離與時間。
從機場到市內的移動也可以根據自己的預算和時間來選擇合適的交通工具。比如從成田機場到市內光是利用鐵道交通就有數種選擇。
鐵道
日本的人口密度比北京、上海還高，為了防止交通出現超負荷現象，多年來東京和日本其他地區都一直致力於發展公共軌道交通。無論是都市內運輸，或是都市間的運輸，鐵道都擔當著重要角色，日本鐵道是世界上最準時，提供最佳旅客服務的鐵道之一。
其中連接日本各大城市的新幹線被人們稱為「理想的超級特快」，安全、快捷。日本最大的鐵路公司是JR(日本鐵道)集團。新幹線列車通常被列為向外國旅客推薦的交通工具。新幹線每隔十幾分鐘就有一班從東京開往國內各主要城市的列車。
日本的列車票價除了根據乘坐距離遠近而不同之外，還根據特快列車、快車或是不同等級的車廂以及是否是對號入座等有相應的價格差。無論長途還是短途，購買車票時可到各車站的自動售票機處購買或在車站內的「綠色窗口」處向服務人員購買。
日本有多條新幹線路線。除利用率極高的連接東京與博多間之「東海道·山陽新幹線」外，還有連接東京與八戶（青森縣）間之「東北新幹線」、連接東京與新瀉間之「上越新幹線」、連接東京與長野間之「長野新幹線」、於九州運行之「九州新幹線」（目前新八代（熊本縣）至鹿兒島中央（鹿兒島縣）間已開通）等各路線。
東京和大阪兩地都有以JR(日本鐵道)集團營運的環狀鐵路線（東京：山手線/大阪：環狀線）為中心的多條鐵路線。除此以外還有多條非JR營運的私營鐵路線和地鐵。
在日本的大城市裡幾乎所有的上班族都會利用鐵道交通，所以距離車站近的房子的租金或售價都會比較高。在日本，所有軌道交通的開車時間和運行時間都有明確表示，用手機也可以隨時查詢乘車的時間和票價，所以人們上班、開會、約會都養成了倒算時間的習慣，即根據目的地需要坐多少站來計算出路上需要的時間，然後再決定出發的準確時間。
其他
日本的公路也很發達，不論是城際巴士、市內巴士還租車都很方便。
大城市和名勝區有觀光遊覽車，東京、京都的觀光遊覽車常備有英語導遊。
在日本租車一天費用在1萬日幣左右。需要有國際駕照。
東京、大阪、名古屋、京都、橫濱等均以2公里起價700日元左右。
