法國的馬提格斯萬人塚。（圖片來源：公有領域/維基百科）
歐洲的第二次瘟疫（黑死病）對歐洲中世紀的社會結構給予了毀滅性的打擊，而在此之前，已經可以開始看到其各方面開始衰退的跡象。同時從11世紀開始興盛起來的基督教神學也在中世紀末期進入了衰退期，其中當然不乏有來自於社會上的動因而造成的種種狀況。
從13至14世紀，歐洲的寒冷氣候便持續不斷，在這期間頻繁地發生飢荒。由此開始使社會基礎的安定受到了嚴重的影響。而給予其致命打擊的便是黑死病的爆發。黑死病現在一般被稱為鼠疫，它從1347年至1351年間，就對中世紀的社會、經濟、文化施加了前所未有的破壞性的影響。
據推測，由於這次疫病，歐洲整體上大約被奪去了2千多萬人的生命。由於當時的歐洲總人口只有大約6∼7千萬人，因此這次瘟疫使歐洲失去了總人口的三分之一。德國醫學史家伯格哈特‧克萊斯納便在其書中以廣泛的史料為基礎，極其精緻地描述了14世紀這場大瘟疫對中世紀的社會和文化的影響。
這場瘟疫一般被認為源自於中亞。它一開始首先便蹂躪了拜佔庭帝國，然後於1347年進入了義大利，僅僅經過了數年的時間，英國、愛爾蘭、北歐以致於歐洲全境淪陷。歐洲各國都遭到了極其嚴重的損害。
伯格哈特在書中描述道，當時遭受到瘟疫侵襲的城市每天都有數千人死亡。有許多地方村民們都幾乎死絕了，因此不斷出現被廢棄了的村落。由於人們並不知道疫病之病因，所以只得推測它是因某種瘴氣而致。人們對此無能為力，因為找不到任何有效的治療方法。當時被人們認為的唯一有效手段就是盡快逃離疫區。
當人們知道這種病是人傳人之後，一旦哪一家出現了感染者，大人就置小孩於不顧，夫妻中的一方便拋棄另一方而趕緊逃離。感染者一旦被親屬遺棄後，便只能在家孤零零地遭受著病痛以及飢餓的折磨。而結果患者一般總是在數天後就死亡了。
教會由於其墓地已經被死者佔滿了，所以只能去郊外僱人挖一個巨大的墓坑，然後將死者扔進去。而被扔進去的屍體中，也不乏尚有呼吸之人。
根據許多撰寫編年史的作者描述，當時往外逃離的人群中也有不少教會中擔任高級職務之士以及教授級的醫生。而教會中許多較低職位的無名聖職人員以及修道士和修女，還有城中的一般醫生們卻都奮不顧身地在當地堅持為民眾服務。
在歐洲中世紀發生瘟疫以後，還出現了一些宗教集團自我鞭打的極端行為。這些鞭打者將其行為稱為「回味基督所受的苦難」。他們走在城鎮的街道上用鞭子抽打著自己裸露的身體，從他們的身體里流出血來。在初期人們覺得他們是在用這種方式來表示懺悔，所以得到了教會和民眾的支持，但這些集團後來逐漸發展成了一種無賴的集團，最終受到了當局的取締。
另外出現的一種極端行為就是集體性地迫害猶太人。當時在歐洲的各個城市都住著一些猶太人，由於有人去告發說有猶太人往井裡投毒，於是人們就想當然地認為瘟疫也是由他們所引來的，這樣就出現了對猶太人的迫害，從而猶太人成了群體性的虐待對象。
到了1351年，瘟疫的勢頭終於變得弱下來了，不過它接下來還是有所反覆，一直持續到近代瘟疫才完全消失。
經過了黑死病的打擊以後，歐洲社會發生了很大的變化。由於城市中有大量的人死亡，於是那些繼承了死者遺產的人一下子成了暴發戶，他們整天沉溺於享樂。
而在農村，由於農業改革所帶來的生產量的大量增加以及消費人口的減少，因而造成了嚴重的需求不足，這樣便導致了農產品的價格極其低廉，所以農民的收入急劇減少，他們處於極端的困境狀態。
上述狀況的最終結果，便是催化和導致了歐洲社會的結構發生了很大的改變。
