周恩來在南開大學講話。（網絡圖片）
抗戰後的南開
抗戰勝利後，1946年，天津南開中學和南開女子中學（後為第二南開中學）在天津復校，重慶南開中學在渝續辦，與抗日戰爭期間按南開體系承辦的四川自貢蜀光中學，形成為南開體系四所姊妹學校。
至於南開大學，因校園被日軍炸毀，抗戰勝利後張伯苓也無法籌款重建，遂於1946年被國民政府教育部收歸國有。1946年4月，蔣介石親自簽署了將南開變為國立大學的文件。這是履行蔣介石答應張伯苓的一個諾言：對於這所大學在1937年7月29日—30日在天津遭受日本侵華軍隊文化摧殘的補償。同時，核定了三校復員經費預算，遷移旅費70億元，修建費30億元（北大10億元，清華12億元，南開8億元）。
1948年夏，張伯苓出任國民政府考試院院長，不久辭去。
張伯苓與周恩來
周恩來是1913年秋考入南開中學的。入學後，因在學習和課外活動方面表現突出，受到校董嚴修的賞識。嚴修還因其家庭困難，減免了其學費。據說，周恩來是當時南開中學唯一的免費生。在校期間，張伯苓還時常邀請周恩來等去自己家中吃飯。
1917年6月周恩來畢業後，在嚴修和張伯苓等的資助下，赴日本留學。1919年9月，南開大學成立前，周恩來應嚴修之召回國，並參加了入學考試，成為南開大學第一屆學生。然而，彼時的周恩來已受馬克思主義影響，不再專心讀書，而是走上了「暴力革命」的道路。1920年初，因組織學生抗議活動，周恩來等四人被天津當局逮捕，投入監獄半年。釋放後，北洋政府教育部命令南開大學開除周恩來的學籍，並不贊成周恩來所為的張伯苓予以接受。
被南開大學開除的周恩來，其後在嚴修的資助下，前往法國留學。周恩來辜負了嚴修讓其求學上進的期望，在法國加入了中共，主持中共旅歐支部的活動，還主導了中國留法學生大鬧中國駐法領事館、里昂大學等暴力活動。從此，周恩來的命運與中共緊緊的聯繫在一起。
幾年後，周恩來留學歸來，繼續參加中共革命，行蹤十分隱秘，十幾年間，與張伯苓斷了來往。1937年日本侵華後，張伯苓因要為南開學校籌款，與身在武漢、重慶的周恩來重新有了往來。國共內戰期間，雙方的聯繫再次中斷。
誤信周恩來 留在大陸鬱鬱而終
1949年11月，在中共軍隊即將攻入重慶之際，關心張伯苓的蔣介石第二次來到重慶南開中學催請張伯苓到美國。蔣介石還表示：「去臺灣也可以，無論去哪兒，生活一切等，都由我給想辦法！」張伯苓低頭不語，其夫人則稱：「我們哪裡也不去，他捨不得兒孫，更捨不得他的南開學校！」
不知這是否是個藉口，因為就在此前，張伯苓剛剛收到周恩來的來信稱「不讓老校長動」。張伯苓最終相信了周恩來，留在了大陸，而這個選擇是其一家悲劇的開始。
最初，在周恩來的關照下，張伯苓暫返北京居住。其次子張錫羊要求張伯苓「為了南開，為了家人」寫個擁護新政權的表態材料，張伯苓則以要對中共新政權再看一看，他不同意「才和蔣先生分手就和共產黨一樣罵蔣先生，需要多想一想」。而這應該是其遭到中共冷遇的原因所在。
中共建政後，私立南開系列學校均被中共收歸國有。張伯苓1950年9月回天津後第二天，即去了南開中學，卻受到冷遇，最終還被轟了出去。他去南開女中時，學生則圍著他起鬨。
半個世紀後，研究張伯苓數十年的梁吉生在南開大學的教師公寓裡講述這段歷史時表示：「張伯苓說：『我是被新中國拋棄的』。南開是他建的，幾乎是他的私人產業。你可知道，1947年，他從國外回到天津時，整個城市夾道歡迎呀。幾千人到了天津東站，基督青年會幾乎決定整個城市的鐘都要鳴響。」
1950年10月17日，是南開中學校慶。張伯苓被拒絕參加，他只能頹然坐在椅子上一句話也說不出來。誤信周恩來的張伯苓此時是否開始後悔？
四個月後，即1951年2月23日，張伯苓鬱鬱而終。除《天津日報》的簡短報導外，大陸報刊對其近乎採取了集體沉默的態度。他臨終遺囑希望南開師生「擁護自由，建立自由民主的中國，誓死抵制專制極權」。可嘆的是，他的願望至今都沒有實現，而這難道昭示其臨死前已然看透了中共的嘴臉？
另外，張伯苓的遺願是埋葬在南開大學校園內，但有人以南大是人民的不是張伯苓的加以拒絕。而低調參加弔唁的周恩來在看到張伯苓的遺囑時說：「可惜少了兩句話，即張伯苓應表示悔過，向人民低頭。」
而得悉張伯苓病逝的蔣介石在日記中寫下了「痛悼無已」的字句。3月31日，國民黨中央改造委員會在臺北為張伯苓舉辦了隆重的追悼大會，蔣介石親寫輓聯「守正不屈、多士所宗」以誌哀悼。臺灣南開校友紛紛以紀念集、悼文等予以紀念。以後，每至張伯苓逢十華誕紀念日，臺灣都要舉行紀念會。
張伯苓死後，他的家人也沒能逃過中共的運動。文革中，身為數學家的長子張錫祿、身為商人的次子張錫羊和三子張錫祚都被摧殘、迫害致死。而這樣的命運在張伯苓選擇相信周恩來的那一刻起，就已經注定。
