李宗仁（左）與毛澤東。（網絡圖片）
據臺灣情報部門資料，「保密局」對中共威脅最大，1949年1月蔣介石下野後，李宗仁任代總統，立馬精簡了「保密局」，不僅任免了時任局長毛人鳳外（改由副局長徐志道接任），也藉領導中央政府南遷至廣州、再遷往四川成都之便，陸續將原本有數千人編製的保密局裁減至十來人。
「保密局」是在抗戰勝利後改組的，保密局的前身是「軍統局」，其首位領導為戴笠，而軍統局的前身為「特務處」，機構首要任務便是蒐集各地軍閥情報，包括西北軍閥楊虎城，無怪乎廣西軍閥出身的李宗仁任代總統後就先裁撤「保密局」。
國共內戰期間，中共之所以能節節勝利，正是因為針對國軍內部的策反與滲透成功所致，各地軍閥不僅割據地方，國民黨內的野心政客也早與中共密謀叛變。期間負責中共情報工作的周恩來就曾強調「只要階級鬥爭存在一天，情報工作和安全工作就十分重要」、「要戰勝敵人，非有情報工作不可」。
儘管正規編制遭到裁撤，但忠貞不屈的「保密局」仍在無編製、無經費亦無糧餉的窘境之下，僅靠數位同志的資遣費和友軍（國防部「技術總隊」和海軍總部）餘糧，堅持完成對中國大陸全國潛伏組織的布建後，才全員撤臺；前後長達有一年半的時間。
「保密局」在國家存亡之際，也即時偵破中共在臺內應組織「臺灣省工委會」。1949年6月，吳石前往臺灣任國防部參謀次長，成為中共的「密使一號」。1949年10月，「保密局」逮捕共產黨臺灣工委委員陳澤民。1950年3月，又逮捕幾乎所有在臺灣的中共黨員400多名，其中就有吳石。1950年5月30日經中華民國法庭宣判吳石、朱諶之等4名涉案人員死刑。6月10日執行槍決的，據監獄官員口述，吳石對蔣公像三鞠躬，自語：「我對不起蔣委員長。」
立下大功並帶領「保密局」眾無名英雄的毛人鳳受封為上將。
1950蔣中正總統在臺灣復職後，同年6月才恢復「保密局」編制，立下大功並帶領「保密局」眾無名英雄的毛人鳳受封為上將。
1955年4月，以毛澤東為首的中共首次提出「和平解放臺灣」，並於當年度7月重申「願意與臺灣協商和平解放臺灣的具體步驟」。1960年5月22日周恩來將毛澤東的意圖具體落實為一綱(統一臺灣)四目，其中的第四目為：「互約不派特務，不作破壞對方團結之事」。不過，毛澤東本人就曾親自承認中共之所以在國軍對日抗戰8年後能夠成功竊取政權，就是因為「隱蔽戰線」成功滲透進中華民國政府黨政軍等各級樞紐機關，這也使得周恩來提出的一綱四目，尤其是第四目，分外顯得諷刺，不是嗎？
