临行前，林信义在上海表示，对中国大陆刻意阻挠的抗议函，十九日晚间已送给各会员体，相信他们都会充分了解。林信义说，部长会议相当圆满，最后却缺席领袖会议，是个缺憾。因为中共霸道的心理，我们的好意被扭曲为有政治意图，实在很可惜，是很大的遗憾。
林信义表示，中国大陆做为一个东道主，却表现出这样的态度，大家可以看到他们的nature（本质），“做为一个文明国家是不会有这种动作的。”他强调，两岸关系是长远的，要用前瞻的眼光消除敌对，增加互信。尽管经过这个事件，政府落实经发会生根台湾、布局全球、调整戒急用忍的政策，不会改变。
经建会主委陈博志则表示，希望大家从经济的角度看待这次台湾参与ＡＰＥＣ会议的成果，不要只从政治角度诠释。他认为，国际活动难免有政治力量的运作，但毕竟不是国际会议最重要的部分。在国际现实舞台上，要受尊敬，不是花钱，而是用脑筋帮助人家。现在我们不见得有能力花大钱，但经验总是有的，可以提供给其他国家参考，“多经济，少政治”是他此行后的最大期待。
代表团返国后，随即在新闻局举行记者会。林信义解释说，他并未在中共外长唐家璇主持的记者会采更激烈的抗议举动，主要是考虑到李元簇是代表出席非正式领袖会议的最佳人选，不到最后一分钟绝不放弃继续协商交涉的机会。经代表团研判，为不影响交涉过程，他接受代表团的意见，未在记者会中采更激烈的抗议举动。他强调，我方并没有所谓的政治图谋，中共打压令人遗憾与痛心。
行政院新闻局已在最快时间，将总统谈话及今年ＡＰＥＣ我方被迫缺席的过程通令驻外单位，以便新闻局派驻海外单位适时在国际间阐述我方立场。
目前纽约时报已在社论版刊出新闻局驻纽约新闻处的投书，抗议中国大陆蛮横拒绝陈总统及我方政府指派的代表出席非正式领袖会议，且强调大陆这项举措将丧失改善两岸关系的契机。驻加拿大代表处新闻组亦投书当地媒体，指中共用尽心机阻挠台湾参加上海的会议。
