1995年7月，莫海涛时任深圳海关（原九龙海关）副关长期间，应深圳某公司杨某（在押）要求，未经拍卖程序，擅自决定定向销售给杨某等人1．3万吨海关罚没原糖。杨某从中牟利200余万元。 原糖事件国家损失900万
1996年元月，莫海涛在任深圳海关副关长期间，深圳某公司进口1．75万吨原糖，报关价格为110美元／吨。 黄某和潘某通过杨某找到莫海涛，以原糖质量有问题，要求降价纳税，莫明知该公司的标报关价明显低于国家原糖征税的规定，违反海关征税价格的审批权限，签批“给予照顾”的意见。
后莫海涛又指使深圳海关关税处李某、蛇口海关副关长周某接受报关价，将1．75万吨原糖由300美元／吨降至100美元／吨征税，造成国家关税、增值税损失900余万元。
1996年7月，莫海涛在任武汉海关关长时，以武汉海关没有好车为由，向杨某索要一辆小“亚洲龙”3．0小车。事后，杨将自购的一辆海关罚没车从深圳发运至武汉。 该车到岸价为62．8万元，后杨将该车原始发票、海关罚没证等一套购车凭证给了莫。
1996年11月，黄某等人以深圳某公司名义，向武汉海关申报500吨羊毛条进料加工手册备案，经莫海涛签批，领取进料加工手册。黄某将手册通过张庆（在逃）倒卖给天津英仑组织原料公司经理田克志（已起诉待判），田用进料加工方式进口羊毛条500吨，未经海关许可，擅自在河北、天津等地销售。1997年9月，黄某等人将手册项下的500吨羊毛条办理从深圳蛇口海关出口的假出口手续，向武汉海关申请核销。 同年10月，武汉海关发现该出口报关单系伪造，该关办公室建议将该走私案移交海关调查处，莫海涛出于私情，决定不移交立案调查。1998年4月，黄某等人又以加工名义假结转到湛江，在武汉海关将500吨羊毛条备案核销，致使国家损失关税、增值税650万余元。
1997年8月，海关总署发现武汉海关有9000吨毛豆油以480美元／吨征税，明显低于国家规定，要求该关说明理由。 犯罪嫌疑人莫海涛指使陈某、王某、鄢某等人与某职能部门联系，出具虚假毛豆油有质量问题的商检报告，以掩盖违规接收低价报关的事实。 此造成国家关税、增值税损失33余万元。 毛豆油走私国家损失4．92亿
1997年1月，黄某等人以香港宝润集团公司武汉某集团公司合资的名义，向武汉海关提交设立武汉丰润油脂保税仓库的报告。莫海涛在向海关总署申报前，未进行实地考察，未经集体研究，接到报告的当日就决定交关办公室起草向海关总署的报告。同年4月14日，莫在海关总署批复后，未严格按照批复中对保税仓库的库址、面积、设施、账册管理制度进行验收以及对仓库经营人员必须经海关培训合格方可颁证的要求落实，即审批同意颁证，导致武汉丰润保税仓库设立成为“无库址、无面积、无设施”的虚假仓库。随后，黄某等人将以保税名义从上海转关武汉，计入保税库监管的4．7万吨毛豆油飞料走私。 经查实，共计7．36万吨毛豆油被走私，造成国家关税、增值税损失4．92亿元。
