台湾中国时报据“亚洲华尔街日报”报导，美军去年十月在阿富汗发动的反恐战争，事实上对中国是一大帮助，因其打散了疆独在阿富汗的基地，使中国免于被疆独突袭的困扰，美军不但击毙了二十余名疆独份子，还逮捕另外三百位，同时迫使约一千名其他的疆独残余份子，逃往巴基斯坦北部与阿国的边界地带。
尽管中国和美国在反恐怖战争中建立伙伴关系，美国至今没有交给中国任何一名被俘的分裂主义份子。中国外交部发言人张启月表示，美国屡次对于中国要求遣返其逮捕的疆独份子置之不理，表达不满及遗憾。
新疆自治区党委书记王乐泉也表示，美中双方缺乏合作已使中国感觉在国际反恐怖战争中处于不重要的伙伴地位。
美国虽称赞中国在联合国的合作反恐，并协助打击盖达洗钱组织，但对中国企图利用反恐机会，打击新疆政治异议份子与宗教份子的作法不以为然。
美国在与中国合作反恐之初，即强调与中方合作没有暗盘交易，也希望中国不要利用与美国的合作，而借题打击要求疆独人士。现在此一事件凸显华府同北京在反恐怖战争中合作的脆弱。美国曾经承认在反恐活动中抓获数量不详的中国人。而据北京外交官的说法，其中一人被送到美国在关塔纳摩湾的海军基地。
据中国外交部发言人章启月的说法，在阿富汗被俘的三百多人都是维吾尔人。维吾尔族是新疆最大的少数民族，有些人已多次发起反抗中国统治的爆炸和暗杀行动。王乐泉说，中国法令不许任何人鼓吹新疆独立，包括和平手段在内，而国际人权组织说后者引起维吾尔人感到挫折并迫使他们采取暴力。
自从美国在阿富汗发起反恐怖战争之后，中国也在国内加强打击分裂活动，造成进一步紧张。新疆公安厅官员说，今年五月十七日在新疆和阗，一名新疆人在清真寺发表一个小时“圣战”演讲之后，跑到一所学校杀死校长并杀伤另外四人。但在北京的西方外交官引述当地人的说法表示，那个人并不是恐怖份子，而是复仇，那人原来是个学校教师，但在中国清除可疑的维吾尔人运动中，他因为伊斯兰教过激观点而被开除。
