东方日报报道，今次评估以理、工、农、管理四个门类中的数学、物理学、化学等十二个一级学科为对象。
评估依据自愿参与原则，凡在十二个学科中有权颁授博士、硕士学位的院校都可申请参与。全国学位与研究生 育中心就各个参选单位有关学科的学术水平、学科建设水平进行评核，之后列出各个学科中的排名（见表）。在全国合资格参与的院校一千二百五十一家中，结果只有三百零九家参与评估。
全国理工科水准评估最佳大学
学 科 院 校
数学 北京大学
化学 北京大学
机械工程 清华大学
电子科学与技术 清华大学
信息与通信工程 清华大学
控制科学与工程 东北大学
计算机科学与技术 国防科技大学
生物医学工程 浙江大学
作物学 华中农业大学
植物保护 中国农业大学
管理科学与工程 西安交通大学
物理 中国科学院物理研究所
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