朱镕基是在国家宗教事务局看望出席全国宗教厅局长会议以及宗教工作理论会议的代表时发表的讲话。他除了要求代表们贯彻十六大关于宗教工作的指导方针，加强对宗教工作的支持力度外，还强调"要依法管理宗教事务，保护合法，打击非法，抵御渗透，打击犯罪。"身在北京的基督教家庭教会成员徐永海对自由亚洲电台说，他对朱镕基"打击非法"的说法感到很不舒服：
不过徐永海承认，现在基督教家庭教会受到政府当局的干扰较之10年前已经减少很多。不过天主教地下教会却没有这样幸运。美国龚品梅枢机主教基金会的龚民权说，中国地下天主教会受到政府的严厉打击：
另一个受到中国政府严厉打击的是所谓的准宗教组织法轮功。法轮功在美国华盛顿地区的发言人王涛正在筹划又一次的烛光请愿集会，为的是最近在中国死去的法轮功成员：
外界纷纷传言朱镕基总理即将在三月份召开的全国人大上退休，去年十六大上台的新的领导班子将全面接管政府权力。自从胡锦涛上任中共总书记以来，有一些不同于江泽民时代的做法。那么在宗教政策上会不会有新的变化呢？龚民权并不太乐观：
不过，法轮功的王涛透露说，最近中国一些官方媒体网站上有关打击法轮功的专题都已被删除。在新华网和人民网上，只有关于法轮功干扰卫星信号的专题还在。
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