历史上真实的刘基当然不是神仙，不过按今天的头衔，可算是哲学家、谋略家、文学家、军事理论家、易学家、天文学家等，其著述也广泛涉及到了这些方面，“所为文章，气昌而奇，与宋濂并为一代之宗。”（《明史 列传16》），其《郁离子》想象诡异，寓意深远，有如《庄子》，《百战奇略》更是兵书宝典（后人对是否伯温所作尚有争议），天文历数方面有《天文秘略》，卜筮方面有《观象玩占》传世，此外还着有历书《玉洞金书》一卷，《注灵棋经》二卷，《解皇极经世稽览图》十八卷。颇为奇特的是，和羽扇纶巾、谈笑自若的传统学士名臣儒雅潇洒的形象不同，刘伯温身着布衣，威猛刚烈，“虬髯，貌修伟，慷慨有大节，论天下安危，义形于色。”全然一副梁山好汉的模样。
刘基是浙江青田人，23岁进士，曾任元朝的江西高安县丞、江浙儒学副提举等官职，曾受命参与镇压方国珍部，任处州路总管府判。因不与兵事，愤而弃官还乡，在48岁那年弃官归隐。元至正二十年，“及太祖下金华，定括苍，闻基及宋濂等名，以币聘。基未应，总制孙炎再致书固邀之，基始出。”（《明史 列传16》）
被朱元璋聘至应天(南京)，充任谋臣后，刘伯温针对当时形势陈时务18策，提供了好几着关键性的军事策略，如先灭陈友谅，与张士诚、方国珍暂时妥协，避免两线作战、各个击破的建策。为朱元璋采纳。朱元璋先后攻灭陈友谅、张士诚、方国珍等势力多按刘基的计策行事。二十四年,朱元璋自立为吴王,刘基为太史令。二十七年，升御史中丞兼太史令，又为朱元璋谋划制定北伐灭元方略并得以实现。其间共参与军机八年，筹划全局，有定策之功。洪武三年封诚意伯。
按运筹帷帷的功绩，刘伯温理当入公，但最初封公的六人为李善长、徐达、常茂、李文忠、冯胜和邓愈。这些人除常遇春之子常茂是追封外，其他都是最早追随朱元璋出生入死，征战疆场的“哥们”，尽管朱元璋对刘伯温“每恭己以听，常呼为老先生而不名，曰：‘吾子房也。’”（《明史 列传16》），但那是有所请教，是一种姿态而已。可能是出于一种自卑和自大混和的心理，身为文盲老粗的朱元璋对文化人有一种内心的反感，尽管刘基以及陶安、秦从龙、朱升、范常等文人对朱元璋平定天下起的重要作用丝毫不亚于厮杀战场的武将。
当然，补偿还是有的，为安抚刘伯温，朱元璋下令青田不加赋税，“令伯温乡里世世为美谈也。”后来又“累欲进基爵，基固辞不受。”（《明史 列传16》）
不过，刘伯温虽才华盖世，胸有韬略，却不是政治家。如果他专注于学问，成就必定会不逊于任何一代宗师。但他是性情中人，决不会为逃避乱世纷争，躲起来一门心思做个人研究。而且他心地至诚，性格正直刚烈，嫉恶如仇，天下太平之后，也根本不适合混迹于官场，这一点他自己也明白。洪武三年，朱元璋欲任命他为丞相，刘伯温的回答是：“臣疾恶太甚，又不耐繁剧，为之且孤上恩。天下何患无才，惟明主悉心求之。”可惜，一入侯门深如海，已没有了退出的余地了。
即帝位后的朱元璋，心态开始发生变化，“非我族类。其心必异”这是所有帝王的一贯思维，只不过在朱元璋那儿更变本加厉，更刻薄寡情。本来第一个要收拾的是独揽大权的丞相李善长，因为李嫉恨刘伯温，朱元璋就选择刘伯温充当杀手。“太祖以事责丞相李善长，基言：‘善长勋旧，能调和诸将。’太祖曰：‘是数欲害君，君乃为之地耶？吾行相君矣。’基顿首曰：‘是如易柱，须得大木。若束小木为之，且立覆。’”（《明史 列传16》）
尽管刘伯温说得都是大道理，不过他心里应该明白，让他出来收拾李善长，既是利用，也是试探他的忠诚度。他一旦受命或可减轻朱元璋的猜疑，然而，唇亡则齿寒，此例一开，以后朱元璋对待开国功臣元老就会换另外一副面孔，此等不义之举，按刘伯温的个性是绝不可为的。正因为如此，第二年他就请退，告老还乡了。
刘伯温虽归老于乡，但朱元璋疑忌之心很强，人不在身边反觉难以掌控，更欲除之而后快。刘伯温也知道朱元璋对他不会就此放心的，所以他的儿子留京为官，算是人质。而且朱元璋每年岁暮都将退休的刘基之子琏、宋濂之子允载、叶琛之子永道、胡深之子伯机等召去京师，接见于便殿，嘘寒问暖，“亲加训诲，燕语如家人。”故此，退隐后的刘伯温异常低调，“惟饮酒弈棋，口不言功”。《明史》记载有这样一件事，青田县令因久仰刘伯温大名，想瞻仰一下尊容，“邑令求见不得，微服为野人谒基。基方濯足，令从子引入茆舍，炊黍饭令。令告曰：“某青田知县也。”基惊起称民，谢去，终不复见。”即便如此，最终还是未逃脱朱元璋的算计。
朝廷方面，李善长为朱元璋所忌，已经自动退休，胡惟庸与李善长同乡，因李的举荐而成为丞相。其实，早在洪武二年，朱元璋曾就李善长外另一丞相人选问题征询过刘伯温的意见，刘就不看好胡惟庸，评价是：“譬之驾，惧其偾辕也。”（《明史 列传卷16》）。胡惟庸因此对刘伯温怀恨在心。后来终于在朱元璋暗助下得到了一次报复的机会。
当时瓯、闽间有一条狭长的地域叫淡洋，该地区是盐贩、盗贼聚集的地方，方国珍便是从这起兵反叛的。刘基委托儿子刘琏上奏，建议应在该地区设立巡检司以控制管辖该地，使那里的刁民无机可乘，不能互相勾结或胁迫戍边士兵一道出逃反叛。胡惟庸使刑部尚书吴云弹刻刘基，反指淡洋踞山临海，有君王之气．刘基想要谋取作为自己的墓地，当地百姓不答应，便想要在那里设置巡检司为难当地民众，才导致该地区形势迅速恶化。
朱元璋不置可否，只是命令下传此文让刘伯温知晓。这是一个明确的信号，也是一种胁迫，如果没有合适的反应，谋反的罪名就会临头。刘伯温于是只好赴京亲自上朝拜见朱元璋，但朱元璋又全然不过问此事，刘伯温既不能辨白，又不敢离京。不久便发病了。此时胡惟庸携带补药前来探望病情。刘基吃了胡惟庸拿来的药后，顿时感到有如拳头大小的石头般的硬物堵塞在胸口。刘基又利用空闲时间奏明了朱元璋．朱元璋依旧不过问。又过了三个月，病情更加恶化。朱元璋派人前去问候刘基，得知他已不能起床了，便让他乘坐传送公文的船返回青田家乡。
不久后，一代绝世奇才便这样去世了。
毒杀刘基，这是后来胡惟庸的一大罪状，但下毒是否为朱元璋的授意，已成悬疑。不过这出自朱元璋的授意可能性极大。首先，刘基死于洪武八年四月，胡惟庸进中书省是洪武六年七月，那时胡入相时间不长，地位并不稳固，还处在“考察期”，又有汪广洋牵制，未必能够胆大妄为到这个程度。胡惟庸虽然嫉恨刘伯温，但并无深仇大恨，弹刻刘基的奏章也强词夺理，没有能令人信服依据，如果没有来自皇帝方面的一些默许，本身就有诬告嫌疑，很可能反过来惹火上身。更何况刘伯温已归隐，不可能对其地位权势构成威胁，做下毒这种风险很大而毫无回报的事，对身居丞相高位，且以精明干练著称的胡惟庸而言，应该还不至于笨到这个程度。
再者，不露痕迹地毒杀功臣是朱元璋的拿手绝技，李文忠、徐达也是这样因病受到探望和赠药之后便不明不白的死掉的。关于李文忠之死，《明史》载：“十六年冬遂得疾。帝亲临视，使淮安侯华中护医药。明年三月卒，年四十六。”当然，淮安侯也逃不过抄家灭门的命运。至于徐达，“达在北平病背疽，稍愈，帝遣达长子辉祖赍敕往劳，寻召还。明年二月，病笃，遂卒，年五十四。”野史说，这是拜朱元璋的一只蒸鹅所赐。此外，与胡惟庸同为丞相汪广洋因否认胡惟庸毒杀了刘伯温，在贬责途中被赐毒而死。
刘伯温之死仅仅是一个开始。
五年之后，大清算终于来了。始于追查他的死因的胡惟庸案发生于的洪武十三年，最终的罪名则是不可饶恕的谋反。“词所连及，坐诛者三万余人”，实际数目远高于此，因为被杀的都是以家族为单位，杀一人也就是杀一家。坐胡案死的有李善长、朱亮祖二公二十列侯，曾为太子老师的宋濂虽免于死罪，但死于流放途中。十三年后，又有蓝玉案发生于洪武二十六年，坐蓝案死的有傅有德等一公十三侯二伯及诛连被杀者又一万五千人。朱元璋铢杀屠戮，用恐怖手段造成了至高无上，森严可怖的皇权。为朱姓江山的永固，所摧残的不仅仅是功臣的性命，更有国家民族的元气和活力。
