据说朱镕基到任之后，曾经有上海市委的中层干部私下议论“中央怎么给我们派了个右派市长？”传到吴邦国耳朵里后，被吴邦国严令制止。
朱镕基到上海工作后，与江泽民之间的矛盾并不象后来外界所传播的那样激烈。而吴邦国作为当时主管党务的副书记，与朱镕基之间基本没有产生矛盾的可能。
朱镕基到任上海之后，江泽民手下的上海市委副书记排名顺序是：朱镕基（兼市长）、杨堤、黄菊（兼任第一副市长）、吴邦国（专职党务副书记）、曾庆红（主管宣传、统战、外事、群众团体等）。
也就是说，此时的黄菊在市委里的排名仍在吴邦国之前。
一九八九年“六四”事件之后，朱镕基虽然接替了江泽民的市委书记职务，但他平时仍然还是把大部份的工作精力放在市政问题上，并在市委会议上明确宣布黄菊作为市委第一副书记，工作重心并不在市委，而是在他的市政府常务副市长位置上，市委第二副书记吴邦国要挑起常务副书记的担子。
这样一来，从一九八九年六月至一九九一年三月的这段时间里，朱镕基对上海市委的党务日常工作基本上完全撒手。
朱镕基调中央工作之前，虽然吴邦国和黄菊均未能提前猜想到朱镕基居然也会在江泽民上调中央之后，被邓大人点名进入国务院领导层，但此二人均都明白朱镕基因年龄原因在上海市委书记和市委位置上最多只能干到一九九三年。而当时上海市委的接班梯队也已经明确显示出吴邦国接党，黄菊接政府的迹象。没有想到因为朱镕基于一九九一年即上调中央，令他们两位分别升任上海市委书记和市长的时间提前了两年。
按照中共省级领导班子调整的习惯作法，党委一把手无论是退休还是调离，兼任党委二把手的行政一把手便接替党委一把手；以党委副书记身份兼任行政二把手者，自然最有可能依次递升，出任行政一把手兼党委第一副书记。
所以，假如朱镕基一九八九年接替江泽民上海市委书记之后，即被要求交出市长职务，无疑会由黄菊接任。在此前提下朱镕基专任一段市委书记职务再离开上海，接替其市委书记职务的人就很可能是黄菊而不是吴邦国了。
毫无疑问，当年邓小平等政治元老在决定了由江泽民接替赵紫阳总书记职务时，不可能同时设计好了“待时机成熟”再调朱镕基入主国务院的接班人培养计划──何况邓小平在一九九一年决定调朱镕基进京时还说过“朱镕基这个人才我们发现晚了”。至于朱镕基接替江泽民上海市委书记职务后，为什么没有依“党政分开”的原则及时令他将市长职务交出，外界无从查考。但也正是因为有这样一个前提，在决定朱镕基进京时，便同时空出了上海党、政一把手的两个位置。于是，第一副市长黄菊接替市长职务入情入理，本来在市委副书记中排名黄菊之后的吴邦国反而跃升到黄菊之上，接替了市委一把手职务。
在历经陈国栋、芮杏文、江泽民、朱镕基四位上海市委书记过程中，有“上海老大”之称的陈国栋对吴的仕途起了关键的提携作用。也由于陈国栋在位时，一直对邓小平的改革开放政策，特别是对特区政策持观望态度，被视为以陈云为首的党内保守派在上海的重臣，是故上海的中基层干部们一般不把吴视为有强烈改革意识的人物。
吴邦国在上海工作期间，并没给一般民众留下有关他政绩的特别印象，与陈国栋有着隐约可显的私人关系和某些观念上的重合，但当年的邓小平似乎并不排斥吴，反而对他赞扬有加。主要原因可能是邓大人在去世之前的几年里对上海发展予以特别关注，定期前往视察、打气，使吴邦国在陪同之时有给老邓留下印象的机会──这往往是中共年轻干部在政法仕途上可望不可求的捷径。
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另外，吴邦国接任上海市委书记之时也正好赶上邓小平和陈云已经在加快上海浦东开发的问题上达成了“求大同，存小异”的基本共识，客观上使吴邦国和上海市其他主要干部在两派政治老人之间走“政治钢丝”的难度有所减轻。有人评价一九八九年江泽民从上海进京是得益于邓小平向陈云一方妥协，后来吴邦国从上海进京则是得益于陈云向邓小平一方求和。这话也许多少有些道理。
在江泽民和朱镕基之间，吴邦国当时也努力地达到一种安全平衡。接替上海市委书记职务后不久，他即在一次内部会议上自谦地表示：比资历、水平和工作能力，自己自然不能与我们的前任市委书记江泽民、朱镕基相比，但对做好上海的工作却是有充份的信心。
他当时列举的有力条件主要有：上海退居二线的政界元老如陈国栋、江道涵对新领导班子始终坚持支持；市委和市政府关系一向融洽；各级干部素质好，工作兢兢业业，责任心强；全体市民气较顺，广大市民顾全大局，能理解和支持市委市政府工作。
话说到这份上显示吴深谙上海市人的精明之道。在处理中央与地方的关系上，吴的表现也可圈可点，亦暴露他的政治企图。
他曾经公开说，上海官员在沪讲“北京话”，与北京保持一致，在北京讲“上海话”，向中央反映地方工作的困难。
吴在一九九二年接受《中国时报》总编辑黄肇松、副总编辑俞雨霖采访时说得更明确：“上海各方面的工作，都是在中央的领导下进行，而中央也能充份放权给上海，可以说没有中央的支持，就没有上海的今天的局面。所以我们目前的方针是该上缴的税一分都不能少，其次是完成中央交付的使命，第二是服从国家的统合调整。例如一九九一年华东地区的水灾，要求上海炸坝，而炸坝的结果可能导致上海本身的严重损失，我们还是依照中央的指示去办，毕竟中央还有全盘因素的考虑。”
如此的“大局为重”的谈话，在邓小平“九二年南巡”之后的地方诸侯的言论中是罕见的。其它人多是呼吁中央下放更多的权力，给予特殊的政策。能够对吴邦国行为作出的合理解释，只能说是他对自己的政治前途设计打出了充份的“提前量”，早已将自己从政的着力点放在全国而非上海一隅。
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