迄今，外界对江泽民南巡的最直接感受是，江泽民不在其位而谋其政。据香港媒体报导，江泽民此一行动显示，江泽民不仅关注军事问题，似乎也有意继续发挥在政治上的影响力。
若仔细观察江泽民与胡锦涛近期的活动，隐约可以发现，江胡之间的政治矛盾似乎并非完全空穴来风。日前即有传言，胡锦涛批准了江泽民最大的政治对手、前北京市委书记陈希同的保外就医。陈希同在一九九八年遭判处十六年有期徒刑，其罪名为贪污，也是近年来被唯一一位具政治局委员身分遭判重刑的官员。而当时外界就盛传，陈希同落马的主因是强烈反对江泽民的领导。若陈希同保外就医属实，则胡锦涛此一动作，似也不乏政治意义。而更早之前，胡锦涛以处理ＳＡＲＳ不力，将江泽民的前个人保健医生、卫生部部长张文康撤职，亦让外界有诸多联想。
其实，由胡锦涛与江泽民的执政作风来看，江胡两人之间的矛盾逐渐浮现并不会完全令外界意外。只要比较胡锦涛与江泽民今年春节的行程，外界多少可以发现，江泽民重城市的强势经济而胡锦涛重农村的弱势经济；江泽民关心上层富有阶级，而胡锦涛关心下层贫困阶级。今年除夕，胡锦涛赴河北坝上农民家里包水饺，并期望贫困地区的民众过年都能吃上水饺，就表现出关怀弱势的胸怀，而江泽民则前往富裕的广州与深圳渡假兼考察，关心的是广东、深圳与香港的经济合作。即使以个人作风来看，江泽民喜欢较铺张的迎送典礼，而胡锦涛一上任即取消了过于张扬的迎送仪式，甚至还取消了夏季的北戴河避暑办公，也看出两人间政策与观念的差异。
同样的，以江胡两人提出的政策主轴来看，两人之间也同样出现巨大的差异。虽然当前的中共中央接受江泽民的“三个代表”（共产党要代表先进生产力、先进文化、先进人民生活水平），但胡锦涛更强调他去年初在视察内蒙贫困牧民时提出的“新三民主义”（权为民所用、情为民所系、利为民所谋）的主张。
不过，此次江泽民以中央军委主席身分南巡并听取地方大员简报，引发的最严重政治问题还在于，中共党内高层权力结构明显出现了多头马车的现象，当中央军委主席直接介入地方经济工作甚至经济政策时，将立即冲击中共第四代领导人的统治权威，也为未来中共高层的权力运作投下了巨大变数。
