郭自1999年7月起任中国科学院“处理法轮功问题领导小组”副组长，是中国科学院迫害法轮功的主要责任人。郭自2003年兼任中国科技大学党委书记后、在中共中国科学技术大学第九次代表大会上再次强调了与“法轮功”的斗争和对法轮功学员的“转化”。 有意义的是递状的位置恰好是象征美国自由民主精神的自由女神的对岸。
1999年7月，中共中国科学院党组紧随江泽民集团，成立了“处理‘法轮功’问题领导小组”负责全院迫害法轮功事宜。以迫害法轮功为唯一目的而建立的超越中国党政机构司法体系之上的“610办公室”就是各级党委“处理法轮功问题领导小组”的常设办事机构。7月26日，在京西宾馆组织召开“揭批法轮功”千人报告会上，郭传杰亲自做“法轮功”学员的“转化”工作。对拒绝放弃信仰的法轮功学员则采取“几包一”、“一对一”的方法进行强制洗脑。根据“追查迫害法轮功国际组织”的调查结果，“转化”被认为是迫害法轮功学员致残致死的主要原因和对法轮功学员实行精神和肉体灭绝的主要手段。
郭传杰在中科院多次主持会议并讲话，总结部署“与法轮功的斗争”和对法轮功学员的“转化洗脑”。此外，他在光明日报上撰文鼓吹“三个代表”的“先进文化”时宣称，对法轮功要用“辩证唯物主义为核心的先进文化涤而荡之”。此文被文化部信息中心的《信息简报》特别推荐。
2000年至今被核实了的部分迫害案例显示，中国科学院至少有27名教职员工因坚持修炼法轮功而遭到种种迫害：强行辞退、并被剥夺了基本工资；剥夺了分房的基本待遇、强行收回住房；不给退休金，断绝生活来源甚至被送劳弹25945教，判刑；研究生们不放弃修炼者不予注册、勒令退学或长期休学；非法绑架至洗脑班强制转化或在本单弹20301位被强行关押封闭洗脑；甚至非法绑架送到拘留所拘留；禁止单位所有被记录的法轮功学员出境。
中国科学技术大学是中国科学院的下属单位。从调查中得知，中国科学技术大学曾多次以休学、退学来威胁学生不准上访、放弃修炼。该校的多名师生被绑架到洗脑班、被开除、劳教、判刑。
对郭传杰的起诉表明了通过法律途径追究一切参与迫害法轮功的责任者的决心。同时表示相信最终的司法公正将一定会在中国大陆实现。
