礼拜堂的前段，现在架起了离地三尺高的木地板，上铺地毯。这块场地是供举行秘密会议之用。木地板上放置电子器材，防止手机或任何监听装置泄漏或窃听秘密会议的内容，木地板可防止这些电子器材损坏礼拜堂的珍贵地砖。
礼拜堂的后段，则布置成投开票所。十二张长条桌子面对着礼拜堂墙上著名的米开朗基罗壁画“最后的审判”，排成一个马蹄形。原本铺着红布的长桌，现在加铺了棕色桌罩，桌子后面则是一张张木椅子。
枢机主教们将以抽签方式决定座位，投票时把选票当众举起，放在集票盘上，收集好后交由坐在“最后的审判”壁画下的三位枢机主教监票唱票。
以耶稣基督为中心人物的“最后的审判”壁画，在选举过程中具有布达圣灵、警醒良知的作用。前教宗若望保禄二世在遗嘱中，要求枢机主教们在秘密会议期间默想这幅壁画的意义，表示：“米开朗基罗必将教导他们”，作出超越私心的虔正决定。
在秘密会议期间，枢机主教们每天早晚各投票两次，每次计票完毕后，选票就会送到放在壁画右下方一处角门后面的炉子里烧掉，焚烧选票时会加入不同化学物质以产生黑烟或白烟，烟会经由管线安排从礼拜堂向外冒出，让外界知道投票结果。黑烟表示本次投票并未选出教宗，白烟则表示教宗已经选出。
教宗选出后，将会在罗马圣教会总司库的陪伴下进入礼拜堂后面的“眼泪室”默祷。据说过去有多位教宗在当选后在此默思神意、念及未来任重道远时不禁哭泣落泪，“眼泪室”因此得名。
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