香港明报5月29日报导说，余连发出生在台北县万里，他在陈水扁2000年当选总统后出任总统府侍卫长，曾令外界大为意外，从此一路擢升，短短 5年内从上校一直晋升为上将，被视为军中异数，也是军中“扁系”将领的代表人物。
此外，海军副总司令林镇夷中将晋升为上将，并调升为参谋总部副参谋总长，现任副参谋总长费鸿波上将则调任国防大学校长，原国防大学校长谢建东上将及后备司令部司令陈礼端上将二人，都将转任总统府战略顾问。
中将部分，陆军方面，马祖防卫司令部司令程士瑜中将调任国防部作战计划次长，陆军准则会主委陆小荣调任马防部司令，作战计划次长吴斯怀调任陆军准则会主委；海军方面，国防部常务次长雷光墅、海军舰队司令王立申调升海军副总司令，国防部长办公室主任李仲威出任国防部常务次长，国防部战规司长高广圻出任海军舰队司令。
此外，作战计划次长室执行官梁功凯少将升任国防部战规司长，海军战训署长陈永康任国防部长办公室主任一职。
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