1955年，毛泽东收到农民的反映，说是麻雀祸害庄稼，于是指示：麻雀是害鸟，能不能消灭它们？农业部副部长刘瑞龙找到中科院前任动物所副所长钱燕文。钱回答，我们对麻雀的食性还没有系统研究过，不敢肯定是否应当消灭麻雀。
但就在几天后，毛泽东同14位省委书记商写了农业40条，即《全国农业发展纲要》，其第27条规定：除四害。从1956年开始，分别在5年、7年或者12年内，在一切可能的地方，基本上消灭老鼠、麻雀、苍蝇、蚊子。
此后5年，麻雀被定性为害鸟并判极刑，各地展开了捕雀运动。
中国科学家论麻雀
1956年10月，青岛举行了中国动物学会第二届全国会员大会。实验生物家朱洗首先讲了一个故事：1774年，普鲁士国王下令消灭麻雀，并宣布杀死麻雀有奖赏。百姓争相捕雀。不久，麻雀被捉光了，各地果园却布满了害虫，连树叶子也没有了。国王不得不急忙收回成命，并去外地运回雀种，加以繁殖保护。朱洗说：“除了在某些季节麻雀是有害的，其他季节是有益的。”
大多数科学家都建议，在没有正式得到科学结论以前，希望政府考虑不要轰轰烈烈地搞运动。
1957年10月，可能是部分地接受了生物学家们的意见，《全国农业发展纲要》第27条除四害内容改为：“从1956年起，在12年内，在一切可能的地方，基本上消灭老鼠、麻雀、苍蝇和蚊子。打麻雀是为了保护庄稼，在城市里和林区的麻雀，可以不消灭。”但不少城市不但没有按规定停止灭雀，反而更加大张旗鼓地开展围歼麻雀的群众运动。上海市第一次灭雀大战进行了3天，灭雀88171只，获雀卵265968只；第二次进行了两天，灭雀598001只。
“替麻雀翻案，比替曹操翻案的意义大”
就在“麻雀战”轰轰烈烈的的时候，鸟类学家郑作新和他的同事们走遍了河北昌黎果产区和北京近郊农村，采集了848号麻雀标本，一个一个地解剖嗉囊和胃部，以求得各种食物的容量。他的结论是：冬天，麻雀以草籽为食；春天养育幼雀期间，大量捕食虫子和虫卵；七八月间，幼雀长成，啄食庄稼；秋收以后主要吃农田剩谷和草籽。总之，对麻雀的益害问题要辩证地看待，要因季节、环境区别对待。他在《人民日报》等报刊上发表了他的考察成果。
可惜，这科学理性的声音没有传到毛泽东的耳朵里。1959年7月在庐山会议上，他仍然自信地认为，“消灭麻雀”的决策没有错，并说：“麻雀现在成了大问题，还是要除。”就在毛泽东说“麻雀还是要除”的时候，广大农村传出了“遍地虫灾”的消息。更多的科学家也开始挺身而出，为麻雀翻案。一位科学家甚至斗胆提出：替麻雀翻个案，比替曹操翻案的意义大。
1959年11月27日，中国科学院党组书记张劲夫写了一份“关于麻雀问题向主席的报告”，报告中说：科学家一般都认为，由于地点、时间的不同，麻雀的益处和害处也不同；有些生物学家倾向于提消灭雀害，而不是消灭麻雀。
“麻雀案”的最后裁决
1959年11月29日，毛泽东主席批示：张劲夫的报告印发各同志(注：作为杭州会议文件，印发给与会者)。次年3月，毛主席为中共中央起草关于卫生工作的指示：“麻雀不要打了，代之以臭虫，口号是‘除掉老鼠、臭虫、苍蝇、蚊虫’。”
以这种方式，毛泽东终于为麻雀平反了。
