太阳系最远边界仍然是太阳周围最神秘的区域，人们对宇宙的探寻一直进行，但至今为止，关于太阳系边界还有谜团没有解开?
欧特云里有何秘密？
欧特云是指几万亿颗遥的彗星的聚集地。从理论上来说，欧特云距离太阳大约10万个天文单位，一天文单位大约相当于1.5亿公里。这意味着欧特云距离太阳非常遥远，以至于我们从来没有直接观察其内部的天体，因此只能凭借推测，但是它得一定存在，并释放出多年来我们不断看到的彗星。
据推测，欧特云是彗星的发源地，这些彗星围绕太阳长途旅行一周需要几个世纪甚至一千年。因为这些"长期彗星"来自所有不同的方向，而欧特云被认为是球状，因此能从各个方向发射彗星。杰威特解释说，虽然哈雷等彗星不是来自柯伊伯带，而且它们的轨道也与球状欧特云的不相符。这表明太空中很可能存在一个形状像甜甜圈的"内欧特云"。杰威特表示，有天体物理学家认为欧特云是大约46亿年前在太阳周围形成的原行星盘的残余物。科学家对越了解欧特云，就越有助于我们了解太阳系和地球的产生过程。
外太阳系是否存在更多的矮行星？
至今为止，有3颗矮行星已经被认可，它们是谷神星、冥王星和阋神星。柯伊伯带内部可能有200多个矮行星。夏威夷双子星天文台天文学家乍德·特基罗说，在柯伊伯带距离太阳大约100个天文单位的地方，可能存在许多矮行星大的天体，因为它们非常昏暗，而且运行非常缓慢，因此之前没有人看到过它们。如果一个火星大和天体运行到距离太阳200个天体单位以外，即使采用最现代的观测方法，我们也无法发现它。特基罗指出，在未来10年中，全景望远镜与调查快速反应系统(Pan-STARRS)和大口径综合巡天望远镜(LSST)等现代装备应该能填补我们知识上的这一空白。
矮行星来自哪里？
理论认为，根据现在的轨迹来看，太阳系边界中的矮行星在数十亿年前可能居住在太阳系的内部。
但特基罗表示怀疑，他问：如果事实确实如此，那么它们的表面为什么有如此多的冰？一般认为，太阳系内部的天体都因阳光照射而失去了冰层。
因此，特基罗及其同事猜测，现在在这些矮行星上看到的冰是比较新的，或许就来自这些天体的内部，是在"火山作用"下喷出地表形成的。当然，这还需要通过进一步的研究来证明，在它们从太阳系内部到达太阳系边界的长途旅行之后，这种更新的冰是不是能足够覆盖这些矮行星。
宇宙射线来源于太阳系周围的泡泡？
当科学家发现太阳吹来的带电粒子的超声速风与在恒星间稀薄的气体相撞时，太阳风最终会吹击这种星际介质中的泡泡。
星际介质就是已知的球状日光层。科学家认为，极度微弱的宇宙射线，即从太空飞向地球的高能粒子来自日光层。科学家认为这些射线来自边界激波(termination shock)，距离太阳大约75到85个天文单位。然而，旅行者1号并没发现这些在边界激波中产生这种反常宇宙射线的迹象。麻省理工学院的天体物理学家约翰·理查森说："可能是它在不适宜的时间或地点穿过边界激波吧。"或者有关这些反常宇宙射线是怎样产生的常规看法本身就是错误的。
2007年，旅行者2号穿过边界激波，它的穿越点距离旅行者1号在2004年的穿越点大约100亿英里，科学家正在分析它获得的相关数据。理查森解释说："它的数据或许能帮助我们了解这些粒子是如何产生的。据悉，宇宙射线能对地球气候产生深远影响，因此，了解它们的来源非常重要。"此外，太阳日冕物质抛射会触发这些高能粒子出现猛烈爆发，而这种爆发可破坏太空飞船，并对宇航员造成伤害。更好地了解这种边界激波或许有助于了解这些潜在的威胁粒子。
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