开车经过欧洲乡间，高速公路旁一望无际的农作物、美丽金黄的油菜花田，这是最能辅慰人心的大自然景色，一想到自家车子使用不伤环境的生质柴油，欧洲人踩油门踩得更放心了。不过欧盟最新发布的报告里，除了续提温室气体排放减量 20%、尽量使用可再生能源的目标外，鼓励生质能源取代传统能源的做法，却逐渐引发不同声音，有些环保团体开始挑战欧盟这项方针。
曾经参与生质燃油危害研究、英国绿色政党的议员 Andrew Boswell博士接受德国《明镜周刊》访问时表示，生质燃油会对环境造成巨大冲击，引发社会问题（例如热带国家把农地拿去种生质作物）。他认为这并不是一条可行的路。
一般对生质燃油的认知，是生质作物在成长过程中吸收大量温室气体，执行碳中和，植物成熟后又可提炼为能源，对钗h国家来说相当有利可图。因此拥有广大森林的国家例如阿根廷或印尼，将大量树木砍倒焚烧，辟出可以种植大豆作物的农场。结果滥垦焚烧的过程里，二氧化碳被排放到大气中、能进行碳中和的雨林与泥塘和也付之一炬，为种植高经济价值的生质作物，自然反而承受双倍损害。据此， Boswell及其他环境学家提出的证据是满吓人的。
2006年10月公布的气候变迁经济影响评估（Stern Review on the Economics of Climate Change）中估计，砍伐森林以及各种土地使用变迁，引发全世界 18% 的温室气体排放，换句话说，生质燃油加速了整个过程。
绿色和平组织农业专家Alexander Hissting也反对使用生质燃油，他认为大力鼓吹采用"农作能源"将会引来意想不到的灾祸─因为生产生质燃油成为畸形工业。他举例，在印尼这种放弃种植粮食作物改种能源的举动，就像在掏金致富。
不过，欧盟也注意到了这个现象。在欧盟最新的报告中，特别强调生质作物必须在环境保持一定水准的前提下生产，此外，欧盟也希望将来自保育区、雨林区、或伐林新辟农场的生质作物列为违禁，不得使用。
但有批评家对于此产地定义的问题抱持怀疑，他们认为此时谈产地检验，缺乏完整的证明标准，而生质燃油供应链又出乎意料的复杂，欧盟这项出自善意的规定是否能够照做，恐怕相当困难。
连欧盟的科学家也有疑虑：使用生质燃油的好是否比现实成本还重要。英国《金融时报》举出最近 Joint Research Center未出版的研究指出，欧盟执行委员会的科学家表示，欧盟设定由生质能源取代 10%化石能源的目标，究竟能减少多少温室气体的排放量实在很难说。但为了推广生质能源，2020年欧洲的纳税人必须掏出钱来负担 330-650亿欧元的补助金。
环境科学家表示，并不只有使用石油才会排放温室气体，事实上，北方国家耕种农作，例如美国种植的玉米或欧洲种植的油菜都对气候有危害。玉米或油菜大量消耗氮元素，农夫得用大量氮氧化物的肥料，氮氧化物一旦被释放到大气中，产生的热是二氧化碳的 300倍， 1995年诺贝尔化学奖得主 Paul J. Crutzen估计，油菜提炼的生物柴油可排放比石油多 70%的温室气体，美国常用的玉米炼制生质燃油，则排放比石油多 50%的温室气体。
另一个最近备受关注的话题，是当农地转种能源作物后，粮食价格开始上涨。大豆和玉米粮价上涨令开发中国家受创很深，在墨西哥、摩洛哥、塞内加尔等地，粮价飙升接连引发了暴动。去年10月，联合国特使报告"吃饭的权利"由特派员Jean Ziegler完成，Jean Ziegler呼吁，至少停用生质能源 5年以平抑粮价，他表示，拿可耕地来种能源作物，对饱受饥荒摧残的人来说简直是大灾难。
逐渐有国家采纳这类批判生质能源的意见，去年秋天，加拿大魁北克省宣布终止栽种生质作物来制造生质能源用乙醇，今年 1月21日英国下议院环境审查委员会也呼吁停止对生质能源的逐渐依赖。议长 Tim Yeo对路透社表示，现在多数的生质能源对环境仍有不利的影响。
不过显然这个议题在欧洲内部仍充满争议，欧盟对英国下议院的举动颇不以为然，欧盟执委会能源部长 Andris Piebalgs表示，欧盟执行委员会完全不同意英国下议院做出来的这项报告。但听在环境科学家如 Boswell的耳里非常受用， Boswell认为这个问题存在好几年，现在应该要受到英国政府的重视。
