港府自英殖民政权末期即开始估计两岸直航对香港经济的影响，然而都极为粗略，且结论大多不离"短期内会造成替代效应，长期而言随着两岸四地经济大饼扩大，香港整体的经济始终会受惠"等之类的评估报告。
及至这次台湾总统大选前，部分部门才重新着手评估情况。
香港贸易发展局辖下的物流发展谘询委员会上周便召开大会，邀请业界到场，评估两岸三通对香港物流业的影响，结果部分业界忧心忡忡。
香港货柜运输业职工会副主席谢浪便估计，三通将令香港货柜处理量减少达百分之五；由于香港去年（○七年）出口台湾的空运货物约达二万四千五百公吨，香港入口台湾的空运货物约达十六万五千四百公吨，以重量计为全球第二，仅次于美国，而其中大部分是以大陆为起货点或目的地，估计三通对香港货柜运输会带来颇重大的负面影响。
香港机场管理局也表示，目前由台北到港的航班里，约一成旅客会转飞大陆，即两岸直航后，流失的台湾旅客量约一成，航空公司日后可能需要缩减航班或透过调低票价增加客量。
实际上，多家证券公司在台湾选举前即评估两岸直航对香港航运业的影响；其中，野村国际和汇丰都认为，乘坐台港航线的旅客有约六成是单纯利用香港作为中转站，预料目前走台港航线的航空公司中，国泰所受到的影将达到七十万人次，连同澳门将达一百二十万人次之多。
近年进港澳或中转港澳的台湾旅客约为四百四十万人次，有的专家甚至评估，直航后到港澳的台湾旅客，恐将减至二百六十万人次。
国泰航空名下的港龙航空以大陆线为主，两岸直航对国泰与港龙的影响最大。不过汇丰认为，港龙透过收购及重组运量，改变航线组合，应可抵消部分影响。
有的评论还认为，台湾以及大陆产品经香港转口的贸易总金额去年头十一个月达到两百廿一亿美元，令香港受益甚丰，但这方面的收入在三通之后，肯定会受到极大影响。
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