陈水扁在看守所中（2009年9月）
台湾前总统陈水扁任内涉及重大弊案中的二次金改贪污洗钱案，台北法院五日审结宣判，包括陈水扁夫妇等21名被告，全部获判无罪。陈水扁办公室随即声明，强调这是迟来的正义；但检方称此判决会造成宪政灾难。
台湾最高检察署特侦组去年12月以陈水扁夫妇利用金控并购案，向两家金控业者索贿台币六亿一千万元，起诉二人贪污；而陈水扁子女及金控业者多人，则被检察官认为协助前第一家庭隐匿贪污所得，遭依洗钱罪起诉。但台北地方法院审理结果，21名被告，全部获判无罪。全案仍可上诉。
合议庭认为，金控合按事项，并不是宪法列举的总统职权，而职务上的收贿罪，依最高法院见解，必须是公务员法定权限范围内的行为，纵使陈水扁有介入金控合併，这只能说明陈水扁逾越总统职权，但不构成犯罪。金控业者付给扁家的金钱属政治献金，与总统职务行为没有对价关系。
至于前第一家庭其他成员及金控业者被控的洗钱罪，合议庭认为，依洗钱防制法规定，被漂洗的钱必须是重大犯罪所得，检方无法证明扁家在金控业者保管室内的巨额现金是不法所得，因此判决被告都无罪。
从台北看守所提讯到庭听判的陈水扁，听到获判无罪，掩不住欣喜，与律师团拥抱，转头向支持者致意。声援者在法院门口高喊"停止羁押阿扁"，称赞审判长周占春有勇气。反扁的红衫军成员则反呛"人民的血汗钱被阿扁贪掉了"。
由于陈水扁夫妇在国务机要费、龙潭购地案、南港展览馆等案被控贪污、洗钱，二审已被判刑20年，全案已上诉最高法院，短期间要获释希望不高。至于陈水扁被控总统任内诈领外交机密款案，一审也获判无罪。
判决结果 蓝绿反应两极
官司缠身的陈水扁在二次金改案获判无罪，陈水扁办公室表示，司法总算能还陈水扁一个公道，让他沉冤得雪。11月9日，将在立法院前举行《一边一国大团结挺扁晚会》，要求法院立即停止羁押陈水扁，同时也为民进党的5都直辖市长与市议员参选人全力辅选。
不过国民党方面则是一片哗然，但这项判决结果，似乎早在意料之中。国民党立委邱毅强调，因为前检察总长陈聪明主导的起诉书中，藏有为陈水扁脱罪的伏笔，之后遇到曾经两度裁定陈水扁无保释放的周占春，陈水扁又更加如鱼得水了，当然会无罪。
不过，特侦组强烈批评法院这项判决，与一般人的认知落差太大，会造成宪政灾难，总统将可为所欲为。侦办过此案的检察官大叹 "欲判无罪，何患无辞！" 更有检察官批评，这份判决书，好像是陈水扁的答辩状。如果依照台北地院此次的见解，特侦组侦办中的其他金控合并案，根本就不用办了。
