“祝由”一说，从现存典籍来看，最早见于《黄帝内经》中的《素问》和《灵枢》。
据这两本书的描述和“祝由”一词的本义，“祝”是指“祝祷”，多半是由“巫”来承担的，因为“巫”和“祝”在古代基本上具有同样内涵。“由”则指病因、病由。因此“祝由”就是根据病因之所在，用祝祷去治病的方法。
《素问》说它是一种“古之治病”的方法，是通过“移精变气”的手段来达到其去除病因的目的。由此可知，“祝祷”只是人们可以目睹的表面形式，真正实质性的除病过程是在超越感观以外的“移精变气”中去进行的。“往古”之时，人们没有复杂的心理活动，心志内守，“内无眷慕之累”，身处自然之中，顺应四时变化，人身正气强固，病“邪不能深入”，因此“移精祝由”就足以把病治好了。到了黄帝、歧伯那个时代，人就已经变得不那样顺应自然了。
“忧患缘其内，苦形伤其外”，又不顺应四时气候变化，逆着寒暑节气行事，使得“贼风”、“虚邪”频频袭人，内伤“五脏骨髓，外伤空窍肌肤”，乃至小病变大病、大病则造成死亡。这一来，祝由的方法也就不象过去那样有效了。
又据《灵枢》，祝由这种治病方法，自来就善治那种突如其来、既无外因又无内因的怪病。这种病一般人都归于鬼神所为，因此由巫来祝祷就是理所当然的了。但歧伯认为，其中也有病邪留在体内“未发”，一旦病者心中情志波动，“血气内乱”、正邪“两气相搏”而成病的。
由于这种病的病因(物质结构)极其微细，“视之不见、听而不闻”，因此就象鬼神引起的一样。当黄帝问为什么可以祝祷而治愈时，歧伯回答说，古代那些巫，由于知道各种疾病的克制方法，又预先看到病是从哪里来的，因此用祝祷来治疗就能奏效。
按《历代职官表》所载，“祝由”治病的方法在周代至唐代以前的官方医疗机构中都没有被提到，但是在唐代的“太医署”中却是四大科之一，只不过名字叫作“咒禁”，更加强调其“祝祷”的内涵以及祷词的“咒语”性质。唐代的“太医署”既是医学教育机构，又是医疗单位，在编制上分为四科：医科、针科、按摩科、咒禁科。其中医科又设有体疗、少小、疮肿、耳鼻口齿和角法等不同专业。
每一科中设“博士”一人，其余依次设有“医师”、“医工”、“医生”若干人，在医科和针科中还各有“助教”一人，次于“博士”、高于“医师”。在当时的“咒禁科”中设有“咒禁博士”一名、“咒禁师”两名、“咒禁工”八名、“咒禁生”十名。
从唐代以后到明代以前，“祝由”或“咒禁”的名称又不见于官方记载了。明代的最高医疗管理和教育机构是“太医院”。太医院中设有十三科：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、金镞、按摩、祝由。
一方面，祝由治病的方法又重新得到了官方最高医疗机构的承认和扶持；另一方面，祝由科已经是十三科之末了，因此有“祝由十三科”之称。到了清初，太医院的科别设置减为十一科，祝由科被排斥出了太医院。明代以后，似乎祝由科便再没有回到过官方医疗机构的花名册上。
但是，这并不等于说，祝由治病的方法就已经没人用了或者绝传了。在中国大陆的气功高潮时期，还有人把祝由治病的方法当作气功方法来传，或者用它来治病挣钱。因为它和气功治病有某些相同点：都不使用药物；治病机制都不能用通常的医学理论来解释等等，因此也有些人便把它和气功治病混同起来。
如果一种治病方法超越了常人感官所能体验的范围，同时也超越了常人理念所能认识的范围，并且往往不能通过常人自己的努力去学习，更不能大面积的去传授和普及，我们就把它叫做“超常”的治疗方法。比如，中医内科的方法不是超常的，因为多数情况下中医的处方都符合现存中医的基本理论，这些理论人人都能学习和传授；针灸和按摩也不是超常的，他们的治疗过程能被多数病者感觉到或者部份的感觉到，他们的理论已经成为指导临床治疗的准则，其学习和传授也是广为普及的。
而“祝由”则是超常的治疗方法，因为迄今为止人们还没有一种通行的、可以为常人理解、接受的理论来指导和解释它的治疗原则。
值得注意的是，任何一种非超常的治疗方法中也可能包含某些超常的成份。比如，中医内科的方法不是超常的，但有些中医处方(比如孙思邈《千金要方》中的某些方剂)的结构完全不符合甚至违背现行中医理论，而又有很好的治疗效果，当我们用这些处方治病时，又可以说是用了超常的方法。因此，当我们说一种治疗方法不是超常的，是指用这种方法治病的情形中，绝大多数案例中用的都不是超常的方法。
当一种超常的治疗方法逐渐被越来越多的常人“掌握”，产生出越来越多可以普传的理论和实践方法时，它就逐渐的变成了非超常的方法，也就是变成了常人层次的东西。这一过程就是我们说的“常人化”过程。
值得指出的是，任何一种治疗方法在常人化前后都是完全不同的两种东西。其最明显的区别是：常人化以后的治疗效果会远远不如常人化之前。不仅如此，哪怕一种方法没有被常人化，但却被大面积的使用了，其治疗效果也肯定会大幅度下降。“祝由”疗法就是这样的一个例子，另一个最明显的近期例子是“气功”治病。
上古时代(这里指黄帝时代以前的某个时代)有一个叫苗父的人，是一个“上古为医者”。他的诊治手法和过程是非常奇特而超常的：他用菅草(一种多年生草本植物)编成席子，供病人和自己坐、卧，又用草把子扎成狗的模样。对于任何前来求助的病人，他都拿起一只草狗，面对北方，口中念念有词，念出十个字来。于是，无论是扶着来的，还是抬着来的病人，立刻就能康复如初。
苗父的治病手法，完全满足“祝由”治病的定义，但我们却不能把他说成后世所谓的“祝由科”医生，因为后世“祝由科”医生们远远没有如此神奇的疗效。“祝由”是很难常人化的一种治疗方法，特别是在当今许多人都不信神的社会里。但它也在不断承传中发展出了一些可以广为普传的常人技巧，比如念咒、画符、烧符、焚香、化纸等等。然而，也就因为这一原因，它的治疗效果就必然要下降，因此后世的“祝由科”医生们通常治不了大病，不象苗父那样只用一只草狗十个字，就能治大小各种疾病。
其实，我们认为，“祝由”治病的人和他们治病的机理都可能有层次上的千差万别。在远古时代用“祝由”治病的人可能多数是修炼人或者天生的特异功能者，以后传播面广了，不但治病效果不行了，治病的机理也变了。特别是后世那些役使低灵为自己谋取物质利益的人，他们不但完全败坏了“祝由”治病这种历史极其悠久的治病方法，而且会给病者、甚至他们自己带来许多难以预测的危险。
责任编辑:姚馥鎂
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