进化论对于批评意见的反驳本身存在着很大的缺陷。(图片来源：Adobe Stock)
对于进化论，从它出现以后一直有着反对的意见。其中之一就是物种的进化证据不足，因为进化的本身缺乏中间过程的物种进化证据。对此精致进化论的反驳立场是，物种进化是非常缓慢的，它经过漫长的时间只变化一点点，物种的改变虽然是普遍的，但物种进化需要很长时间，所以不可能被人类观察到。而且因为时间的漫长导致了化石有所缺损，因此无法收集到完整的化石记录来证明物种是逐渐进化的。
但是最近的发现却颠覆了达尔文的逐渐进化论。在北美，马的5千年进化现象曾经是逐渐进化论的一个典型性的教科书案例。马的祖先在其进化论模式中是每一代的牙都比较长一些和复杂一些。而马的脸会更长一些，马的中间脚趾更突出，这个模式看似强有力地证明了生物是渐渐进化的。
但是所出示的化石证据却揭示了一个相反的事实，即马的变化不是连续缓慢进化的，而是其中每一个特征都保持了上百万年时间，然后突然变了。比如，已灭绝的四脚趾曙马曾经稳定地出现了上百万年，然后忽然出现了三只脚趾的中新马。在北美，马的化石没有出现一个从四脚趾马到三脚趾马的变化过程，只有四脚趾马化石和三脚趾马的化石，连细微差别的马化石也没有发现。
以上用来支撑达尔文进化论的经典教科书案例足以说明逐渐进化论是不存在的，至于达尔文自己说的由于进化时间漫长导致化石的缺失，这个解释有待今后的生物学家考察。找不到化石可能是时间漫长导致缺损，也可能根本不存在中间过程的化石，至少目前没有被发现。1972年古生物学家斯蒂芬和尼尔用北美马的例子，站在进化论的立场上提出进化是突变而非逐渐。以下例子说明了进化过程很快，快得可以使人观察到。
有一种云雀分长嘴雀和短嘴两种，短嘴雀只能吃很小的种子。有一年干旱导致了没有小种子，食物的短缺导致很多短嘴雀死亡，长嘴雀存活下来了。但是等到雨量充沛的时候，又出现了短嘴雀。生物学家发现，第二代的短嘴雀相对于它们的第一代嘴比较长。还有很多发现颠覆了达尔文逐渐进化论，认为进化和变种是突发的，快得足以肉眼可以观察到。毕竟一个基因的改变就足以使单翅苍蝇变成双翅。
尽管达尔文逐渐进化论的最大缺陷是没有中间变化过程，但他的理论被大家奉为经典真理，即使以后发现的化石无法证明生物是进化来的，生物学家还是站在进化论角度上解释进化是突发而非逐渐，他们否认逐渐进化论非进化论本身。
在此提醒大家，解释非事实。对于同一事实可以有不同的解释，比如第一例北美的马，它们有没有可能是四脚趾马出现了上百万年消失后出现了三脚趾马？而非四脚趾马进化成三脚趾马？第二例的云雀案例只能说明生物随环境变化而变化，但不足以说明进化本身。
好比被当作宠物的猫狗比自然界生存的同类肥胖，捕食能力差，但肥猫还是猫，胖狗还是狗，而非成为新的物种。或许未来的生物学家会从新的角度从内部来突破进化论的框架而重新解释物种的变化，由此来解释生命的起源，从而回答古老而又是人人想知道的问题，生命来自哪里？人类来自哪里？不过进化论的根本缺陷所在好像还是无法突破的。
