據南方週末16日報導，當公眾從空難初發時的震驚中醒來，當事故進入既定的調查程序之後，當社會輿論漸漸恢復理性之時，中國民航業的深層次矛盾便漸次顯現出來。
5月14日，一位不願意公開姓名的民航業內人士直言不諱地表示，一些國有企業的毛病，什麼機構臃腫、人員超編、人浮於事、效率低下等等，民航系統的企業個個都有，而且還更嚴重。」相關人士透露，國內很多航空公司都不同程度地存在著飛行員超編現象。
據瞭解，香港國泰公司飛行員與乘務員之比是1︰5,中國國際航空公司的飛行員大約有1400名，乘務員1700人左右，兩者之比1︰1.2。國航是中國大陸排名最靠前的航空公司，被認為是中國民航業的一個縮影。
在民航院校就讀四年的學生，花費昂貴，直屬公司必須接收，直接後果是飛行員的待遇難以提高。據稱，這是制約飛行員工資長期偏低的根本原因。其次，不利於人才成長。每年分配到直屬航空公司的畢業生如果安排到一些規模小的分公司，第一年就甭指望上機學習，而是先在地面空勤實習一年。
更有國航內部人士透露，未升上機長的年輕飛行員(工作5年以內)，收入非常低。而若干年前，當他們興高采烈地走進航校時，就已經對將來的高收入形成了強烈的心理期待，但是，如今事與願違，菲薄的待遇令他們難以平衡，於是，這部分佔飛行員總數近3成的員工就成為一個心態特殊的群體。
比飛行員超編更為嚴重的是地面行政、後勤人員與一線人員(機組、乘務和機務)的比例嚴重失衡。一位在國航工作了8年的員工說：「連飛行員都超編，其他工種可想而知。」
冗員過多、難以精簡的重要原因：裙帶關係。由於幾十年來民航有著其他行業羨慕的優厚收入，很多人便托親拜友靠關係擠了進來，加上內部用人制度的封閉保守，子承父業，甚至孫承子業，裙帶風氣一直蔓延不散。
5月15日，一位不願意公開姓名的業內人士寫信說：由於種種眾所周知的原因，民航內部關係錯綜複雜，大多都是家族式，新鮮血液較少。即使有優質的血液，也很難得到合適的位置。據我所知，很多大學畢業生分配到民航後都不能展示自己的能力，只能從事諸如櫃臺接待、售票、換飛機零件等簡單而重複的工作，而且極少能通過自己的努力得到提升。於是很多人在工作一段時間後，在熟悉掌握了工作技能後都選擇了跳槽去外航。可以毫不誇張地說，中國民航已成為外航的人才培養基地。我認為一個企業如果不注重企業文化，不提高員工的滿意度，不為員工提供發展機會，它是沒有前途可言的。」
國航目前最大的矛盾是一線員工和中間層某些人員的矛盾。由於中間階層某些人員立足於維護自身利益，往往使公司自上而下的改革有始無終，或者中途走樣。更為尷尬的是，由於「平均小時費」的存在，使得這部分管理層結成了一個不願打破陳規的「既得利益集團」。
所謂「平均小時費」，就是只面向原先做過飛行、乘務，後來改行進機關，成為幹部和管理人員(專稱「機關空勤」)的一種待遇。具體而言，就是只要他們每個月登機一兩次，駕機一次或者再做一次乘務，就可以拿飛行員收入的平均數，金額為5000元左右。
國際上也有此慣例，但只允許飛行檢查員享受；而在國內航空公司，這種特殊「福利」的普及面太大了，成了一種「不合理的怪現象」－－－「凡是從國航的機組和乘務出來的，不管是在飛行總隊、大隊還是中隊，都不會放棄平均小時費。」不放棄，每個月就必須安排他們登機。
據瞭解，就是在國家民航總局，也有「機關空勤」，主要集中在飛行監管部門，他們中是否有人不再適合此項收入，「沒有人追究」。
這樣一個「官僚」群體的存在，這種飛得少卻拿得多的分配「規則」，對於真正處於第一線的員工，對於利益的公平分配，進而對於管理層與員工間的關係，意味著什麼，不言而喻。
維持民航總局和直屬航空公司之間婆媳關係的手段有兩個，一是總局直接控制航空公司的產供銷和人事關係管理；二是由民航總局通過對油料、航材、計算機結算等系統的壟斷經營，對航空公司實行間接控制。這樣的結局是下屬公司沒有成長為真正市場經濟意義上的企業，而民航總局也挨累不討好，屢遭世人詬病，機票市場混亂不堪即是明證。
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