明報消息，21世紀經濟報導引述國家審計署不具名的官員指出，對去年的決算情審計發現，中央部門的預算管理存在四大問題：
其一，本級預算管理不規範。被審計的60個中央部門中，23個未按規定細化預算或預算編製不完整、6個部門沒按規定及時足額批覆預算、12個部門擅自調整預算項目及金額。
其二，中央部門對屬下單位疏於管理監督。在200多個這類單位中，隱瞞收入、私設帳外帳等問題金額高達37億元，其中國家氣象局及其直屬18個單位就查出違規違紀金額2.29億元。水利部原信息研究所以建設「東小樓改造附屬工程」為名，編造虛假項目預算和施工合同，騙取國家預算135萬元，變成職工補貼。
其叁，收支混淆不上繳。14個部門自立項目或超範圍收費5.22億元；15個部門應繳未繳中央預算收入3.31億元；29個部門未按規定上繳財政專戶資金18.53億元；26個部門隱瞞、截留或擅支預算外資金2.68億元，有的甚至設立帳外帳。
其四，決算編報不實。25個部門涉及少報收支和結餘、少計資產、少匯所屬單位決算報表的金額共達41億元。
部委撤並撥款移交混亂
另外，預算資金結存也有很大漏洞。國務院機構改革以來，一些部委撤並，但下撥的預算資金卻未及時處理；高校改革，相當部分高校預算撥款仍在原主管部委手中。這些結存少則一兩億，多達百億。按規定都要納入財政部統一管理，但一些部門違規不報，甚至變成部門小金庫，或對外投資，或變相成了職工福利，成為衍生腐敗的條件。
另外，中央部門經過多輪改革，很多部委人數已大幅精簡，但審計結果顯示，多數部門公務用車的數量和質量卻在不降反升。
今年組200人審計隊
報導稱，國家審計署日前已組成200人審計隊伍，對中央各部委開展審計，其中資金結存將成為突破口。審計署官員稱，到2006年，除少數涉及國家利益和秘密的內容，審計內容和報告一律公開。
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