卜睿哲說，兩岸錯失了不少可以建立互信的良機。陳水扁在2000年底曾經向北京暗示他願意同大陸商談對岸想要談的「統一」議題，但他不願意用此字眼，因此用了「統合」兩字。但他得到了回應了嗎？沒有。在到一個程度時，他實在得捫心自問：繼續這樣暗示下去值得嗎？尤其是臺灣島內有人因此一直在批評他。
他說，陳水扁在2004年的就職演說中又對大陸釋放出類似的資訊，表示「臺灣和大陸可以建立任何形式的關係（establish relations in any form whatsoever）」，陳水扁這樣的說法是在和美國商量過後才付諸實現的。同樣，他的支持者並不高興。
卜睿哲擔任AIT理事主席近5年時間，現任美國著名智庫布魯金斯學會東北亞政策研究中心主任。他說，「我的確認為機會被錯失了。陳水扁身為民主政治家，為島內民眾中一部分臺灣認同感較高的人發言，對北京來說也可能是個機會，如果能把握住的話。」「有人曾將陳水扁比喻成臺灣的尼克森！他的確有泛藍領導人所沒有的彈性。」可惜，中國也沒有把握這個機會。
連戰和宋楚瑜接連訪問中國的時候，卜睿哲曾經希望中國趁此機會直接同陳水扁當局打交道，才能使兩岸形勢更穩定。卜睿哲感嘆的說，當時，「我認為兩岸在連宋行後可以有更多往來的機會，北京本可利用他們的大陸訪問同扁政府在各種兩岸三通議題上打交道。很不幸的，這並沒有發生。」
他說，兩岸對彼此的互不信任（mistrust）頗深，或許需要先有個過程才會有實質意義的討論出現。即使你有聰明的、有意義的方法跨越鴻溝，首先你還是需要一個建立互信的過程，讓這樣的構想能被好好地承認接受。
卜睿哲去年底出版《解開糾結：創造台海和平》（Untying the Knot: Making Peace in the Taiwan Strait）一書，廣泛探討了臺、中關係，他特別提到，「考慮到未來中國政治體制這個更廣泛的議題，海峽兩岸的爭議就是一個很好的先例（first instance）。不論台海議題的爭議核心──主權──現在是否能夠好好解決，（中國政府）遲早是要面對它的。」
他認為，中國這個由13億人口組成的政治體系，竟然是在單一的基礎上運作，實在是挺不尋常的（remarkable）；他認為，這樣的體系是不可能持續的，在中國的經濟和社會越來越複雜的今日，相較之下，毛澤東時代的社會還簡單許多，現在它每天都在變得更加複雜。
他說，中國共產黨正面臨如何在新的基礎上運作的一連串挑戰，其中之一就是中央和地方──省級政府──如何分權的問題。中國政治體不可避免地也會碰上這個過去二、三百年來其他許多政治體制必須面對的挑戰，那是「雙重主權（dual sovereignty）」的問題，也就是在國家和次國家階層的兩重主權。
對於任期只剩兩年的陳水扁，前一陣子被負面新聞纏身，會不會持續面臨政治低氣壓的窘境？卜睿哲說，美國媒體現在也有對總統第二任期進行很有意思的討論，不過，人們轉向過去的二任總統，尤其是以雷根為例，認為雷根在經歷了86年的伊朗醜聞案後，帶了新的一批人進入白宮，讓他的政府重獲新生。他最後還是得到相當高的支持率，也解決了政府赤字的問題。
卜睿哲說，雷根的例子顯示，即便在第二任中期，重振聲望還是可能的，總統也不見得非得是個跛腳鴨！
南方快報
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