武昌起義爆發時，用的是共進會的十八星旗，代表當時的十八省；上海、江蘇獨立用的是宋教仁、陳其美主張的五色旗，代表五族共和；廣州獨立後用的是青天白日旗，但陳炯明在惠州起兵用的則是井字旗。此外還有用白旗（取以明滌去污染、光復舊物之意）、金瓜鉞斧旗（代表尚武強兵的精神）等，可謂各樹一幟。
等到南京臨時政府成立，參議院為制定國旗發生過劇烈的爭論，最後決定採用滬軍都督府所用紅、黃、藍、白、黑五色旗為國旗，以十八黃星旗為陸軍旗，以青天白日三色旗為海軍旗。
孫中山作為臨時大總統，對國旗問題發表了他的意見。1912年1月12日，他在寫給參議院論國旗的信中，反對以五色旗為國旗，主張在民選議會產生後由國民公決。青天白日旗原是孫中山早年的親密同伴陸皓東為興中會所設計，計畫在1895年廣州重陽節起義中使用。起義流產，陸皓東被捕遇難。此後，孫中山參與發動的歷次起義打出的都是這一旗幟。
身為大總統，孫中山想讓青天白日旗成為國旗的主張並沒有得到參議院多數的贊同，所以只能作為海軍旗，而不能成為國旗。對於這一結果，他雖然不滿意，但必須接受這個事實。
其實早在1906年冬天，同盟會內部就為國旗問題發生過衝突，黃興與孫中山幾乎為此決裂，黃興認為青天白日旗的形式和日本太陽旗相近，主張用井字旗，「示平均地權意」。孫中山堅持不讓。章太炎到死，只願以五色旗覆蓋，不承認青天白日旗。
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