武昌起义爆发时，用的是共进会的十八星旗，代表当时的十八省；上海、江苏独立用的是宋教仁、陈其美主张的五色旗，代表五族共和；广州独立后用的是青天白日旗，但陈炯明在惠州起兵用的则是井字旗。此外还有用白旗（取以明涤去污染、光复旧物之意）、金瓜钺斧旗（代表尚武强兵的精神）等，可谓各树一帜。
等到南京临时政府成立，参议院为制定国旗发生过剧烈的争论，最后决定采用沪军都督府所用红、黄、蓝、白、黑五色旗为国旗，以十八黄星旗为陆军旗，以青天白日三色旗为海军旗。
孙中山作为临时大总统，对国旗问题发表了他的意见。1912年1月12日，他在写给参议院论国旗的信中，反对以五色旗为国旗，主张在民选议会产生后由国民公决。青天白日旗原是孙中山早年的亲密同伴陆皓东为兴中会所设计，计划在1895年广州重阳节起义中使用。起义流产，陆皓东被捕遇难。此后，孙中山参与发动的历次起义打出的都是这一旗帜。
身为大总统，孙中山想让青天白日旗成为国旗的主张并没有得到参议院多数的赞同，所以只能作为海军旗，而不能成为国旗。对于这一结果，他虽然不满意，但必须接受这个事实。
其实早在1906年冬天，同盟会内部就为国旗问题发生过冲突，黄兴与孙中山几乎为此决裂，黄兴认为青天白日旗的形式和日本太阳旗相近，主张用井字旗，“示平均地权意”。孙中山坚持不让。章太炎到死，只愿以五色旗覆盖，不承认青天白日旗。
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