藥膳的主要原料之一是中藥。目前臨床應用的5，000多種常用中，有五百餘種可作為藥膳原料。這些藥物在與食物配伍、炮製和應用時都需要遵循中醫理論，使它們之間的作用互相補充、協調，否則就會出現差錯或影響效果。
一、藥物配伍禁忌
藥膳的主要原料之一是中藥。目前臨床應用的5，000多種常用中，有五百餘種可作為藥膳原料。如冬蟲夏草、人參、當歸、天麻、杜仲、枸杞子等。這些藥物在與食物配伍、炮製和應用時都需要遵循中醫理論，使它們之間的作用互相補充、協調，否則就會出現差錯或影響效果。因此，中國傳統醫學對藥膳應用有嚴格的禁忌。
藥膳的藥物配伍禁忌，遵循本草學理論，一般參考"十八反"和"十九畏"。"十八反"的具體內容是：甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；烏頭反貝母、瓜蔞、半夏、白蘞、白芨；藜蘆反人參、沙參、丹參、玄參、苦參、細辛、芍藥。"十九畏"的具體內容是：硫磺畏朴硝，水銀畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牽牛，丁香畏郁金，川烏、草烏畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏赤石脂，人參畏五靈脂。
以上配伍禁忌，可作為用藥參考，但非絕對如此。在古今配方應用中也有一些反畏同用的，如黨參與五靈脂同用可以補脾胃、止疼痛，這些必須要在有經驗的臨床醫師的指導下應用。
二、藥物與食物配伍禁忌
藥物與食物的配伍禁忌是古人的經驗總結，後人多遵從於此。其中有些禁忌雖還有待於科學證明，但在沒有得出可靠的結論以前還應參照傳統說法，以慎用為宜。一般用發汗藥應禁生冷，調理脾胃藥禁油膩，消腫理氣藥禁豆類，止咳平喘藥禁魚腥，止瀉藥禁瓜果。這些禁忌主要包括：豬肉反烏梅、桔梗、黃連、胡芡黃、百合、蒼朮；羊肉反半夏、菖蒲，忌銅、丹砂；狗肉反商陸，忌杏仁；鯽魚反厚樸，忌麥冬；豬血忌地黃、何首烏；豬心忌吳茱萸；鯉魚忌硃砂；雀肉忌白朮、李子；蔥忌常山、地黃、何首烏、蜜；蒜忌地黃、何首烏；蘿蔔忌地黃、何首烏；醋忌茯苓；土茯苓、威靈仙忌茶等。這些可供臨床應用參考。
三、食物與食物配伍禁忌
古人對食物與食物的配伍也有一些忌諱，其道理雖不充分，但在藥膳應用中可作參考。這些禁忌是：豬肉忌蕎麥、鴿肉、鯽魚、黃豆；羊肉忌醋；狗肉忌蒜；鯽魚忌芥菜、豬肝；豬血忌黃豆；豬肝忌蕎麥、豆醬、鯉魚腸子、魚肉；鯉魚忌狗肉；龜肉忌莧菜、酒、果；鱔魚忌狗肉、狗血；雀肉忌豬肝；鴨蛋忌桑椹子、李子；雞肉忌芥末、糯米、李子；鱉肉忌豬肉、兔肉、鴨肉、莧菜、雞蛋等，這些禁忌的應用主要是宜使人氣滯、生風、生瘡、發病等。
四、病人忌口
忌口是中醫理論與實踐的一個內容。主要包括兩類：一是某種病忌某類食物。如：忌辛辣；心病忌咸；水腫忌鹽；骨病忌酸甘；膽病忌油膩；寒病忌瓜果；瘡癤忌魚蝦；頭暈、忌胡椒、辣椒、茶等。另一類是指某類病忌某種食物。如凡症見陰虛內熱、痰火內盛、津液耗傷的病人，忌食姜、椒、羊肉之溫燥發熱飲食；凡外感未除、喉疾、目疾、瘡瘍、痧痘之後，當忌食芥、蒜、蟹、雞蛋等發風動氣之品；凡屬濕熱內盛之人，當忌食飴糖、豬肉、酪酥、米酒等助濕生熱之飲食；凡中寒脾虛、大病、產後之人，西瓜、李子、田螺、蟹、蚌等積冷損之當忌之；凡各種失血、、孕婦等人忌食慈菇、胡椒等動血之，妊娠期禁用破血通經、劇毒、催吐及辛熱、滑利之品。忌口之說有些已被證明是有道理的，有些則不合實際，在藥膳應用中可資參考。
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