到了隋文帝楊堅當政之時，他久聞孫思邈大名，便以十車錦絹、千兩黃金為禮，命關中太守親自登門前來聘請年逾六旬的孫思邈擔任國子監博士一職。孫思邈還是拒絕了他的聘請。同時，他勸一同在太白山隱居治學的青年儒士魏徵道：「老夫以為三十年後必有英主賢君出世掃平穢亂，開創太平盛世。那時，才是你我出山助他濟世安民之日！魏公子須當及時下山遊學天下，增才進德，為將來勝任一代良相而努力儲學備用！」魏徵一聽，茅塞頓開，當下便告辭了孫思邈，下山求學而去。
果然，三十年後，隋朝覆滅，唐王李淵建立唐朝，讓位於年方弱冠的秦王李世民，史稱「唐太宗」。李世民勵精圖治，任賢使能，以魏徵為諫臣，廣開言路，從善如流，開創了一代盛世「貞觀之治」。不料，貞觀七年之冬，唐太宗突然得了一場大病，咳喘不止，嘔血如絲。宮中太醫聯手診治，用盡了藥石之方，卻始終不見療效。最後，長孫皇后只得下詔，發榜命天下各地名醫速速起赴京入宮診治，治病有效者將予以重賞。然而半個多月過去了，揭榜而來的名醫個個都對李世民的病束手無策。時間一天天過去，李世民的病情也越來越嚴重。正在眾人一籌莫展之時，尚書右丞、太子太傅魏徵忽然憶起隱居於太白山的神醫孫思邈，當即吩咐下人前去準備車馬乾糧，意欲親自趕赴太白山去請孫思邈。
就在此時，忽聽看門人來報：「府門外有一老者求見，自稱是魏大人的故交，來自太白山。」魏徵一聽，真是喜出望外，他便急忙隨僕人一道奔向前門迎接。果然，門前立著的老者，正是一代神醫孫思邈。想不到時隔三十年未見面，孫思邈雖已年近百歲，卻仍是精神矍鑠，舉止輕健，目光炯然如炬，令人一望而生欽敬之情。
魏徵疾步迎上前來緊緊握住孫思邈的手，激動地說道：「孫先生，三十年前太白山一別，魏徵一直思念得很哪！今日相見，實乃大喜過望。」孫思邈臉上表情卻如一泓古潭，水波不興，平靜恬淡，從容平和，他緩緩說道：「魏君如今是良駒得伯樂，遇上了一代聖主明君，日後必當以曠世賢臣之清譽而流傳史冊。」魏徵連稱不敢，忽又深深一嘆，神色黯然，苦笑著說道：「當今聖上確是堯舜再世的一代明君，只可悲天妒英傑，不欲使黎民久享太平，以致聖上猝獲重病，令我等憂心如焚！」孫思邈一聲長笑，撫鬚說道：「魏君勿憂，老夫此番下山，正是為救當今聖上而來。」魏徵一聽，急忙道：「既是如此，事不宜遲，就請孫先生與魏某一道速速進宮救駕！」孫思邈點了點頭，便與他一道上馬入宮而去。
在李世民臥病的怡心殿內，文武百官、四方名醫一個個立於他病榻之前，抓耳撓腮，無計可施。正在此刻，卻見魏徵帶著一位鶴髮童顏、仙風道骨的青衣長者疾步而入，推開人群，直奔病榻。長孫皇后迎上前來，驚問：「魏大人，請問這位先生是何方神醫？治得了陛下的病嗎？」魏徵躬身行禮，肅然答道：「這位先生乃是太白山神醫孫思邈，一身醫術超凡入勝，實有起死回生之能。臣敢以全家性命力保孫先生，必能救得了皇上，就請皇后娘娘屏退眾人，讓孫先生為聖上好好治病吧！」
長孫皇后素來知他剛直誠樸、從不妄言，聽他這話說得堅定有力，便信了他，一揮手讓在場其餘諸人盡行退了出去，只留下孫思邈、魏徵在殿內。孫思邈緩步來到李世民病榻之前，只見他面白如紙，目光無神，半昏半醒，氣息奄奄。孫思邈伸手把了李世民的脈，頓時變得面色凝重，他立刻從袖中取出三根七寸五分長的細長金針和四枚晶瑩明潤的白玉釘，一一打入了李世民前胸「玄機穴」、雙肩「肩井穴」、項上「百匯穴」等七個穴位。「不可造次……」長孫皇后正自驚呼失聲之際，只聽得李世民一聲輕咳，醒了過來，睜開雙目，看著面前三人。
魏徵和長孫皇后一見，均是大喜。而孫思邈依然是一臉的凝重，緩緩說道：「陛下，現在終於讓您清醒過來了。您的病情雖暫時被制住，但體內病氣已侵入臟腑，若要徹底根除，還有些困難。」
李世民見孫思邈氣宇清奇、神采奕然，知是得道神醫無疑，當下謝道：「多謝老先生相救，至於治療朕之疾病有何難處，且請老先生如實道來。」孫思邈沉吟片刻，說道：「天子之病與凡人之病不同。凡人之病，不過寒暑溫飽之失調、陰陽五行之失衡所致。天子之病，卻是與國運氣數息息相關。國運氣數有損，則天子生病；國運氣數無損，則天子無病。陛下這場大病，實非庸醫凡人可治，唯有修身養德、順天濟民才可。」李世民聽了，沉吟著說道：「老先生所言，朕聽了很是心悅誠服。那麼，究竟如何才可治得了朕這場大病？老先生但講無妨。」
孫思邈站起身來，沉思著在殿內緩步踱了一圈，然後回到李世民面前，道：「老夫入宮之時，看到朱雀門前一片空地，此乃皇宮風水有缺之相。若陛下要治好這心腹之疾，須得在朱雀門上建造一座宮殿方可。」此語一出，長孫皇后忙道：「這有何難？待臣妾即刻吩咐下去，今日便可破土動工了。」卻聽李世民忽然大呼了一聲「慢，」止住了長孫皇后，轉頭向魏徵問道，「魏卿，新建一座宮殿須得花費多少銀兩？」魏徵只得囁囁地說道：「臣估計大概需要十餘萬兩白銀。」李世民聽罷，搖了搖頭，肅然道：「昔日漢文帝不為百金之臺而損民財，今日朕也不會為區區一場疾病便大興土木、勞民傷財。這個治病之方不能用，還請老先生再為思量。」
孫思邈聽李世民這般回答，倒是頗有幾分意外，他又撫鬚沉思半晌，又道：「既不能大興土木，那就只有請陛下舉辦泰山封禪祈福之盛事來沖掉病災了！」李世民一聽，又是搖頭，連連反對：「朕即位以來，時時如履薄冰，怎敢自比堯舜而施泰山封禪祈福之盛事？老先生這一方法亦斷不可行！」
孫思邈聽到這裡，臉上微微露出了笑意，他說道：「前邊兩件事，本是治病良方，陛下均不能答允施行。那麼，老夫最後這一件治病之方，只怕陛下也不能採用了！」「老先生，並非朕不願採用，而是您所講的治病良方，儘是損民亂政之舉，朕實不能從。」唐太宗嘆道。長孫皇后卻是急得流下淚來，對孫思邈說道：「老先生切勿耽擱，還是將第三個治病良方講出來吧！」孫思邈面色凝重，一字一句緩緩說道：「這第三個病方，就是請陛下下旨，自今日起，免除天下百姓三年的賦稅！」
頓時，大殿之內，一下靜了下來。魏徵、長孫皇后都默然無語地看著李世民，等待著他發話。孫思邈卻是面不改色，昂然而立，毫無怯退之情。終於，李世民的臉上慢慢漾開了笑意，他正視著孫思邈，釋然說道：「老先生這一良方深得朕心。魏徵，你馬上擬旨，自今日起，免除天下百姓五年的賦稅！」
「五年？」魏徵以為自己聽錯了，卻見李世民向他點了點頭，神色十分堅定：「五年！天下百姓近年來飽受戰亂之苦，朕時常叨念不已，甚是悲憫。今日多謝孫先生一語點醒，幫朕下了這個決心！」他一邊說著，一邊含笑向孫思邈點頭示謝。
孫思邈聽到李世民這些話時，怔住了。許久，孫思邈神色肅然，緩緩向李世民跪身拜了下來：「陛下身處生死攸關之際，仍能秉心平正，不為私慾所惑，不為私利所動，不妄不躁不迷不亂，果然不愧為一代得道明君！老夫替天下蒼生謝過陛下了！今日老夫拼盡最後一口氣，也必定要將陛下身患的沉痾徹底治癒。」
長孫皇后漸漸停住了哭泣，向孫思邈求道：「如今陛下病情危急，再也耽誤不得，請您速速著手進行診治。「孫思邈點了點頭，緩緩站起身來，靜靜地看著李世民。許久，他才轉向魏徵，悠然說道：「魏君當年遊學四方，應該也曾聽過‘先天氣功’百步療人之術罷？」
當年魏徵研習道家學術，便知道家素來有修煉先天元氣內丹學說。此術為春秋時期老子所創，在西漢名士魏伯陽、魏晉高人葛洪等人的繼承發揚之下，已然卓有成效。但修習先天氣功者，第一便以凝神守氣為要，最是不可輕泄虛耗，否則輕者有走火入魔之憂，重者有形神俱滅之災。他這年近百歲之人，如若此時為病人費神耗氣，則必損己壽。魏徵登時流下了兩行清淚，哽聲說道：「孫先生真乃菩薩心腸！魏某代天下百姓謝過孫先生！」說罷，立刻跪倒在地，向孫思邈拜將起來。孫思邈上前輕輕扶起魏徵，笑而不語，示意長孫皇后和魏徵退了開去。
只見孫思邈站在李世民的病榻前二丈開外，雙掌慢慢提起，當胸一合，向著李世民胸腹之間隔空平推而出。隨著他的雙掌緩緩推出，他紅潤的面龐之上頓時現出了一層淡淡的紫光。剎那間，李世民感到一股滾滾熱浪自胸前直湧而入，入體之後立刻散成脈脈細流，汩汩然奔流不息，所經之處竟是熱血如沸。他大吃一驚，感到體內灼熱異常，頓時大汗淋漓，不禁翻身坐起，當他坐起身來的一瞬間，他發覺先前身上那種腰酸背痛、疲軟無力之感已然一掃而光，全身上下舒爽無比，舉手投足之際精神煥發！
唐太宗欣喜若狂，正欲歡呼驚嘆，抬眼一看，卻見孫思邈已坐倒於地，頓時怔住了，半晌說不出話來。
此刻的孫思邈，面龐已變得蒼白如雪，現出了一條條縱橫交叉的皺紋，滿頭濃密長發也盡數脫落，而一綹銀亮如絲的長鬚也都變得枯槁不堪。
孫思邈在魏徵懷裡慢慢睜開眼來，目光已變得混濁而無神，有氣無力地嘶聲說道：「終於大功告成了！……陛下，你身上的病可好了麼？」李世民「嗯」了一聲，雙眼熱淚頓時奪眶而出，躬身前去扶住孫思邈，哽嚥著說道：「難道，難道是孫先生犧牲了自己的元氣來救了朕嗎？」「陛下，孫先生豈止是犧牲了自己的元氣，更是犧牲了自己的性命來救陛下啊！」魏徵哭道。
孫思邈輕輕擺了擺手，道：「陛下乃一代明君，老夫犧牲自己衰朽之軀，全力診救，心中無怨無悔。但求陛下將來廣施仁政，唸唸以濟世安民為本，不負老夫今日的死諫啊！」唐太宗握住孫思邈的手，已是泣不成聲，連連點頭。
孫思邈從袖中取出一本厚厚的書冊來，又道：「這是老夫一生走遍三山五嶽，訪遍各地名醫，集畢生之心智精力而寫成的《千金方》一書。陛下若能將它令人抄錄下來，廣為傳授，使有志於學醫者習之，則孫思邈雖死，亦死而不朽，後繼有人，豈不快哉？」說罷，頭一歪，氣絕身亡。
唐太宗當即下詔，追封孫思邈為藥王。而在唐朝，被封為異姓王者，僅孫思邈一人而已。同時，他令禮部專人抄錄《千金方》，散發天下各地，令所有從醫者人人學習，實現了孫思邈生前「醫道大行，澤被蒼生」的志向。
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